细胞DNA异倍体分析

niwanmao

标题：细胞DNA异倍体分析

倪老师：

　　您好

我想分析正常细胞在某一环境中，是否细胞癌变了。我该如何操作？

1. 是否必须用鸡血红细胞来做标样？我只用正常的细胞做对照可以吗？
2. 用阴性细胞调参数时，要不要设门？设门的主要目的是把细胞碎片和细胞聚集体去除，但这里头可能也会含有细胞癌变才产生的DNA异倍体细胞，会不会在设门中，把这些DNA异倍体细胞给排除了？
3. 用Modfit软件分析细胞DNA异倍体时，怎么选择参数？下面为我用癌细胞做的流式，只是debris, aggregates和appoptosis的选择，Dip和An1的 G1/G2/S，DI值变化怎么这么大？有可能G2/S期的值为0吗？（或是我分析选择的参数就有问题？）

1. 参数选择：2 cell cycle, debris, aggregates和appoptosis全选

Diploid: 98.10%

Dip G1: 78.09% at 45.33

Dip G2: 36.96% at 90.66

Dip S: 21.91% G2/G1:2.00

%CV: 7.70

 

Aneuploid 1: 1.90%

An1 G1: 63.04% at 54.53

An1 G2: 36.96% at 109.05

An1 S: 0.00%  G2/G1: 2.00

%CV: 1.34  DI: 1.20

 

2. 参数选择：2 cell cycle, debris选

Diploid: 91.14%

Dip G1: 84.26% at 44.86

Dip G2: 0.02% at 89.73

Dip S: 15.72% G2/G1:2.00

%CV: 8.63

 

Aneuploid 1: 8.86%

An1 G1: 13.00% at 46.84

An1 G2: 00.00% at 93.68

An1 S: 87.00%  G2/G1: 2.00

%CV: 0.38  DI: 1.04

 

3. 参数选择：2 cell cycle, aggregates选

Diploid: 70.39%

Dip G1: 79.32% at 45.49

Dip G2: 20.68% at 90.99

Dip S: 0.00% G2/G1:2.00

%CV: 8.75

 

Aneuploid 1: 29.61%

An1 G1: 9.09% at 44.40

An1 G2: 0.95% at 88.81

An1 S: 89.96%  G2/G1: 2.00

%CV: 0.44  DI: 0.98

 

4. 参数选择：2 cell cycle, apoptosis选

Diploid: 0.00%

Dip G1: 0.00% at 45.13

Dip G2: 0.00% at 90.26

Dip S: 0.00% G2/G1:2.00

%CV: 8.12

 

Aneuploid 1: 0.00%

An1 G1: 0.00% at 48.44

An1 G2: 0.00% at 96.87

An1 S: 0.00%  G2/G1: 2.00

%CV: 0.37  DI: 1.07

 

4.　周期中S期的比值，有人拿来分析细胞增殖，也有人拿来说明S期阻滞，这两个概念一样吗？

谢谢解答。

祝　学习工作愉快

 

niwanmao的答案

 

1. 可以用正常二倍体细胞做对照。
2. 你所谓的阴性细胞是指什么？正常细胞吗？设门肯定要设的，否则碎片会干扰分析。细胞聚集体是通过FL2-A/FL2-W散点图画斜矩形进行排除的，详见之前的示例图http://www.flowcyto.cn/question.php?qid=245，不用担心会把需要的细胞排除掉。
3. 分析异倍体，首先你得确定你的二倍体位置，才能确定另外一个峰是异倍体。所以参数选择就是你把二倍体的G0/1位置确定下来之后，观察图上有几个峰，再选择Modfit中的Cell cycle数量和要分析的参数。如果你不需要分析凋亡，完全可以把Apoptosis去掉，但Debris和Aggregates还是得保留着的。

你这些结果我认为应该是Cell cycle数量上出现问题，最好把图放上来看看更清楚。

另外说一点，细胞发生癌变，不是说肯定就会出现异倍体，这的也得注意一下。总之，你把图放上来就知道了。

 

谢谢倪老师。

1.我所说的阴性细胞是指正常细胞，不染PI。

2.分析异倍体，首先要确定二倍体的位置，而正常细胞就有单一的二倍体，所以我想只用正常细胞做对照，不用鸡血红细胞，这样可以吗？

3.我以上的结果，应该是我分析时没选好参数造成的。我想把图放上来的，但是我现在没有权限。我得多多努力下争取。顺便请教，若在没有权限下，我如何把图放上来？

谢谢。

回答者：niwanmao[

1. 可以用正常二倍体细胞做对照。
2. 你所谓的阴性细胞是指什么？正常细胞吗？设门肯定要设的，否则碎片会干扰分析。细胞聚集体是通过FL2-A/FL2-W散点图画斜矩形进行排除的，详见之前的示例图http://www.flowcyto.cn/question.php?qid=245，不用担心会把需要的细胞排除掉。
3. 分析异倍体，首先你得确定你的二倍体位置，才能确定另外一个峰是异倍体。所以参数选择就是你把二倍体的G0/1位置确定下来之后，观察图上有几个峰，再选择Modfit中的Cell cycle数量和要分析的参数。如果你不需要分析凋亡，完全可以把Apoptosis去掉，但Debris和Aggregates还是得保留着的。

你这些结果我认为应该是Cell cycle数量上出现问题，最好把图放上来看看更清楚。

另外说一点，细胞发生癌变，不是说肯定就会出现异倍体，这的也得注意一下。总之，你把图放上来就知道了。

2009年8月12日 0:54

回答者：niwanmao

to swpeng:

1、可以用正常细胞做对照。

2、不会啊。正常用户都可以上传图片的。你看很多帖子中他们都能够上传的，比如：http://www.flowcyto.cn/question.php?qid=806

你试试不同的浏览器看。如果确实出现错误，你把错误图片通过邮件发给我，我看看是什么问题。

2009年8月12日 0:54