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免疫系统在母胎界面起着关键作用,提供对病原体的保护、维持对半同种异体胎儿的耐受性、促进蜕膜组织的血管重塑。因此,免疫调节异常与各种妊娠疾病密切相关,诸如先兆子痫、早产和复发性流产等等。
然而,对母胎界面的免疫特征研究一直受限于难以同时对母胎界面全部免疫成分进行无偏差分析。 为此,Gupta-Wright A等人在2017年9月份《Functional Analysis of Phagocyte Activity in Whole Blood from HIV/Tuberculosis-Infected Individuals Using a Novel Flow Cytometry-Based Assay》中,提出了利用FlowJo软件的t-SNE降维算法,结合DensVM聚类,对检测所得的数据进行客观计算,发现与手工分析存在很好的一致性,只是目前耗时较长。。这种方法对于以后的无偏差研究还是挺重要的。
下面来一看文章大致的设计和初步的结果。
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综上所见,t-SNE结合DensVM效果还是不错的,只是效率偏低。希望这篇文章能够对研究生殖医学的FLOWER能够有所启示。
参考文献:
Gupta-Wright A et al. Functional Analysis of Phagocyte Activity in Whole Blood from HIV/Tuberculosis-Infected Individuals Using a Novel Flow Cytometry-Based Assay.Front Immunol. 2017 Sep 28;8:1222. doi: 10.3389/fimmu.2017.01222.
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