请问如何评判细胞周期的拟合效果

慕容无瑕

想请教大家几个问题：1. 如何评判细胞周期的拟合效果？CV值？RCS值？还是肉眼所见贴合曲线？
2. 有时候无论怎么调，都没法完全贴合黑线，这种现象是否正常呢？这种图形是否接受？（图1：G2期好低，G1期也没完全贴合）
3. 手动调整时，G1期range设置后，G2的range好像无论怎么调整都不影响S期和G1的比例是怎么回事？
4.2倍体设置有时候设置成1.8,1.9倍，这个如何确定？

@niwanmao

niwanmao

Modfit软件里面有详细解释，综合多个指标评估，标准是依照1993 年DNA Consensus Conference Report 而定，可参考文献(Cytometry 14, P471-500, 1993)。

%CV，指的是G0/G1 期峰的CV 值，最好<8%，对于实体组织来说，这个标准比较难达到，但应该尽可能达到，CV 值过大，不仅直接影响到S 期所占比率的计算，还会给倍体的分析带来困难，因为有可能会掩藏了一个不正常的峰；
用于拟合分析的细胞数，不能少于10000 个；
RCS，是一个统计学上的指标，用来反映你所选择的这个模式与你的标本的拟合程度，0.9-3.0 为比较好的一个范围，而3.0-5.0为可以接受，小于0.8 或是大于5.0，都被视为不可接受；
%B.A.D，指的是背景中的碎片和聚集体所占的比率，需小于20%。

观察是否合适，主要是看这些指标，拟合后的线不可能完全贴合原细胞分布曲线的，但是像你这个图，还是需要对G2:G1的Ratio进行微调，使得最终模型能够尽量贴合。
G2/G1比例，在电压合适、染色正确的情况是，一般是2.0，但如果电压没调节好或染色浓度不够，可能会造成小于2，问题不太大。

慕容无瑕

niwanmao 发表于 2018-12-24 19:51
Modfit软件里面有详细解释，综合多个指标评估，标准是依照1993 年DNA Consensus Conference Report 而定， ...

谢谢倪老师的详细解答，现在清晰很多了
现在还遇到了新的问题，
1. 比如下图1，手动模式下，我发现无论怎么移动这三个bar，高矮宽窄地移动，都不影响最终的分析数值是怎么回事呢？就这个案例而言，我应该如何使G1期贴合更好？
2. 还有，我把比例从2.0调整到1.8后出现下面两张图，哪个拟合效果更好？一张图RCS的值比较低，但是S期似乎拟合更差了。这个最终决定用哪张图？有些时候G1期贴合好了，S和G2期感觉又掉下去了怎么办？

慕容无瑕

图片如下

慕容无瑕

@niwanmao 倪老师，请问可以帮忙看一下我上面两个问题吗？非常感谢

niwanmao

慕容无瑕 发表于 2018-12-27 09:14
谢谢倪老师的详细解答，现在清晰很多了
现在还遇到了新的问题，
1. 比如下图1，手动模式下，我 ...

1.8的结果挺好的啊