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以正确的姿势阅读流式论文,学会鉴别真伪

发布者: niwanmao | 发布时间: 2019-6-19 12:38| 查看数: 239| 评论数: 0|帖子模式

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科学的可重复性和公众对科学结果的信心至关重要。在网站Retraction Watch上我们可以看到各种原因被撤回的已发表论文。撤回的原因较多是因为科学不端行为,这种撤稿成本不仅仅是失去一篇论文,还会导致经济处罚甚至未来的学术前途。

我们在阅读论文时,也应该从三个方面进行批判性阅读,充分了解数据的质量。

方法学部分

方法学部分包含了实验的详细信息,我们在阅读时需关注: 1、作者是否充分描述了仪器配置? 仪器特性对于荧光数据的质量非常重要,如果没有选择正确的激发激光器、没有选择正确的滤光片,都可能导致目标荧光素灵敏度发生问题。 2、作者是否提到了克隆号? 在方法学部分仅仅提及某公司的抗体,这样的信息量不够,不足以让其它人重复实验。以CD3为例,目前至少有7种不同的克隆号:HIT3a(文献数量占比68.25%)、MEM-57(文献数量占比2.55%)、OKT3(文献数量占比10.58%)、SK7(文献数量占比1.09%)、UCHT1(文献数量占比17.15%)、SP342、S4.1。你需要明确说明用了哪个克隆号的CD3。 3、使用了什么对照? 设门,是需要使用正确的对照。常用对照包括FMO对照、生物学对照(如内对照细胞、未受刺激的同种细胞等等),并需详细说明如何利用这些对照进行设门。

结果部分

结果的图形里面,坐标轴名称,应包含抗体名称和荧光素,而不能直接采用机器自带的默认名称。例如仪器通道名称默认是APC-Cy7,但实际上你使用的抗体是CD3 APC-A750,那么就应该将坐标名称修改为CD3 APC-A750。否则你的方法学部分没有提到APC-cy7,而结果中却显示了CD3 APC-cy7,就容易使读者产生质疑。 此外,要看散点图的坐标轴的转换方式(Log转换或Logicle转换)、设门步骤(是否已充分消除粘连体、死细胞,逻辑是否正确)、统计学(方法是否正确、阈值、重复次数等)。

MIFlowCyt标准和数据分享

流式的专业文章,都应该附上MIFlowCyt标准信息,里面包括了样本、仪器、实验的详细信息,并在网上公开你的FCS原始数据。这些信息,有助于其它人重复,并确认你的数据准确性。 目前,MIFlowCyt仅在出版商Wiley-Blackwell和Nature Publishing group的少数期刊使用。 MIFlowCyt标准我们站内热心站友翻译过,请访问http://www.flowcyto.cn/bbs/thread-4203-1-1.html查看。

这三部分,既有助于我们确认实验真实性,也有助于我们快速了解文献的精华和关键处,因此,FLOWER们,学会用正确的姿势看流式文献。

部分编译自:https://expertcytometry.com/the- ... y-scientific-paper/

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