查看: 47188|回复: 214
收起左侧

流式分析软件CFCS 1.3(08月30日更新)

    [复制链接]
发表于 2011-8-3 16:31:33 | 显示全部楼层 |阅读模式

亲爱的FLOWER,加入流式中文网,一起讨论,一起学习,享受更多福利吧!

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?加入流式中文网

x
本帖最后由 haven_t 于 2016-6-30 04:07 编辑

使用简介:
一 、打开FCS文件。数据拖放到软件文档窗口即可以默认参数生成图形,或拖放到file list窗口,然后双击所需的数据文件。
二、设门。1)在图形上右击出现弹出菜单可进行设门操作。
                  2)在Gate Stat窗口上点击and or not任一按钮,然后选取需要进行操作的门,然后再次按之前按下的按钮可生成逻辑门。


设门操作


CFCS.rar (586.3 KB, 下载次数: 1391)
2.JPG
未命名.JPG
捕获.JPG
捕获.JPG

评分

参与人数 1流星 +5 收起 理由
niwanmao + 5 辛苦了,兄弟。

查看全部评分

发表于 2011-8-3 16:58:06 | 显示全部楼层
非常非常棒的一个软件。虽然部分功能和界面友好程度上需要继续完善,但是完全可以替代WINMDI了。
在这里,我将heaven_t朋友的帖子转过来:

我曾操作流式数年,也接触过几个第三方分析软件,我认为第三方软件有生存空间是因为仪器自带的软件无论从操作性及分析功能上确实有很多不足之处,可能软件的设计者并非流式操作者,没办法体会到数据分析的繁琐及多样性,所以在分析时需要操作者进行很多无谓的重复性操作。在我所使用过的第三方软件中,我最欣赏的可能就是flow?jo了,他的设计者本来就是一个非常熟悉流式的人,也发表过流式原理的文章,我也曾给他发过邮件向他咨询一些问题,也得到他真诚的帮助。在很多地方我看到一些寻找这类软件***的帖子,相信都是些在实验中希望自己分析数据的同学或老师,?当然第三方软件的功能是非常强大的,但其实他们中的大部分所需要的数据分析功能都很简单,仅仅是设门,得到某个细胞群体的比例或荧光强度而已。所以商业第三方分析软件对该用户群来说略为臃肿,而且复杂繁多的菜单及对话框可能会使初学者感到迷惘。所以我因应自己的习惯与应用编写了这个小软件,大小不到1M,我觉得应该能实现90%最常用的功能。

??????本软件由本人独自编写,对我来说流式数据难以得到,仅能从几位热心同道中获得聊聊数个流式数据进行测试,而且因本人水平能力及精力有限,软件编写难免有缺陷。,希望能征集更多感兴趣的老师与同道参与测试,同时希望能获得各种不同类型的FCS文件以增加对多种仪器的支持。

??????CFCS是一个极为精简的流式数据分析软件,仅提供最基础的数据分析功能。本软件仍处于测试阶段,故在未进行充分比对前不建议用于正式用途,以免影响阁下的工作。使用前请自觉做好数据保护。软件经kis2001检查无毒,但下载后还请自行查毒。

目前测试可用的机器:

BD?FACSCalibur?

BD?FACS?CANTO?

BD?FACS?SCAN

BD?FACS?DIVA

COULTER?EPICS?ALTRATM

MACSQuant

预计不可用的仪器:

Accuri?C6??(注:从论坛上无意看到该型号导出的图形,发现数据范围超过我的预算,就算能打开,坐标显示也会显示错误,但苦于无法获得该仪器的数据文件作进一步分析)

使用简介:

本软件免安装,直接运行即可。

1)从硬盘上把FCS文件拖放到软件窗口中即可打开(可支持同时拖放打开多个数据文件),文件支持FCS2.0?FCS3.0格式的listmode文件(包括数字型流式细胞仪的数据)。由于各种仪器储存方式不一,但一般均可导出为FCS的通用格式(COULTER?数据为LMD文件,但实质上也是FCS文件),或者本来便以FCS格式储存,具体可参见仪器说明书。

2)在图形(点图、直方图等)中右击鼠标可出现菜单进行设门、补偿及导出图像等功能。当激活图形或文本框时会出现外框,拖放边框四角可编辑大小或移动图形。

3)空白处右击可出现建立文本框的菜单。

4)“查看”菜单可显示隐藏右边三个对话框。

5)gate?stat窗口可进行逻辑设门,如需要进行R1?and?R2操作,先按下"AND"按钮,然后选中R1和?R2,然后再次按下AND?按钮即可。该窗口也可对门进行删除或以该门进行作图。

最近工作较忙,具体帮助文件可能要过段时间才能写好,现在只能提供简单的使用介绍,如果使用过其他同类软件的上手应该不难。如果在使用上有困难或对软件改进有建议的话请与我联系,在我能力范围内我会尽量为大家解答和对软件进行改进。

界面截图

界面截图




 楼主| 发表于 2011-8-3 17:02:57 | 显示全部楼层
不会完善了,界面是mfc向导自动生成的,不想在界面上花功夫,毕竟再漂亮用几次就会审美疲劳,毕竟我是一个人写,不是个团队,以后会不会更新都是个问题
 楼主| 发表于 2011-8-3 22:43:14 | 显示全部楼层
WINMDI有两个致命的弱点,1)不支持32为数据(2.8不支持,不知道最新版本是否支持)2)绘制contour的算法太糟糕了,根本不象等高线,尽管我用流式这么多年都没用过contour。
 楼主| 发表于 2011-8-3 23:33:20 | 显示全部楼层
什么叫shell呢?这是我随意安的一个名字,也找不到相应的中文名称就姑且叫shell吧。shell应该属于模板的一部分,在该软件的设计中,FCS文件数据相当于核心,分析时要在数据的基础上进行设门操作,所谓shell就是这些门的集合。在一个shell中,我们可以放入不同的FCS数据,如此便相当于对这些数据进行相同的设门操作。每一个打开的数据都会自动生成一个shell,尽管你什么都没做,但仍然有一个门,叫做“ALL”。或者可以把数据看作是一个人,shell是一件衣服,这件衣服可以给很多人穿,但穿出来的效果是不一样的。有一点要注意的,衣服不是所有个头的人都适合穿,一件童装是不能穿在一个成人身上的。如果shell中有个门是在第5色与第6色上作的,但新的数据仅有3个参数,这样就会出错。所以Shell会承担起对数据进行verify的责任,参数和分辨率不一致是不允许套用shell的。
shell.JPG
发表于 2011-8-4 07:33:07 | 显示全部楼层

这个SHELL我注意到了,是作为显示门的组合吗?但在分析的时候始终没感觉到它是做什么用的,能否分析一个数据实例给我们看看?
 楼主| 发表于 2011-8-4 08:27:06 | 显示全部楼层
本帖最后由 haven_t 于 2011-8-4 08:28 编辑

当一个文件拖放到一个plot中,就会把这个plot所关联shell复制一份,应用到新的数据中。shell list在表面上可以作为打开的文件列表,但我希望能设计出深层次的应用,所以没有另外搞一个File list。shell仍然是个数据层面的概念,并不包括plot,因为考虑到可能有些大批量数据处理没必要每个数据都作图,所以在数据与模板之间建立了一个叫shell的东西,以方便大规模数据分析时节省作图所增加对系统的负担。在这里大家完全可以把它作为一个已经打开的文件列表使用

评分

参与人数 1流星 +1 收起 理由
niwanmao + 1 感谢介绍操作帮助。

查看全部评分

发表于 2011-8-4 09:00:17 | 显示全部楼层
haven_t 发表于 2011-8-4 08:27
当一个文件拖放到一个plot中,就会把这个plot所关联shell复制一份,应用到新的数据中。shell list在表面上 ...

明白了,跟flowjo中的批量复制门的功能类似。
发表于 2011-8-4 14:48:09 | 显示全部楼层
{:3_46:}牛人啊,膜拜
发表于 2011-8-4 15:05:52 | 显示全部楼层
chilliping 发表于 2011-8-4 14:48
牛人啊,膜拜

确实不是一般的牛。值得我们大家敬仰。haven_t兄以前跟我们做同样的工作,编程能够搞得这么深入,非常佩服。
您需要登录后才可以回帖 登录 | 加入流式中文网

本版积分规则

关闭

本站推荐上一条 /1 下一条

流式中文网    

联系我们: mail#flowcyto.cn (#改为@)

GMT+8, 2017-2-25 19:20

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.