找回密码
 加入流式中文网

QQ登录

只需一步,快速开始

查看: 1820|回复: 9

[标本处理] 提高阈值能提高分选速度吗

[复制链接]
发表于 2017-4-4 13:09:47 | 显示全部楼层 |阅读模式
悬赏2流星已解决
今天看流式相关的书籍,其中提到适当的提高阈值有助于减少分选时间,提高分选速度。FSC阈值一般用于排除碎片和小颗粒,当有大量碎片的时候提高阈值可以增加目标细胞的百分比,从而减少分选时间。
这里有一个小疑问,提高阈值目标细胞的比例是上升了,但是通过喷嘴的液滴数量并没有改变啊,只不过是FSC低的那部分没在图上显示而已,怎么会提高分选的速度呢?
不知道我说没说清楚,欢迎大家帮我解答。

最佳答案

查看完整内容

主要和分选模式有关,分选有enrich、purify、single模式。enrich模式分选液滴中的所有阳性细胞,purify分选100%阳性的液滴,single分选100%且只有一个颗粒。阈值大小对enrich没有影响。purify和single模式下,阈值以下的碎片不分析,如果在液滴内也会被分选出,所以阈值提高,分选速度会提高
流式中文网FlowGuard®流式专用保存液,无需冻存,稳定保护各类流式样本,从容完成实验
发表于 2017-4-4 13:09:48 | 显示全部楼层
主要和分选模式有关,分选有enrich、purify、single模式。enrich模式分选液滴中的所有阳性细胞,purify分选100%阳性的液滴,single分选100%且只有一个颗粒。阈值大小对enrich没有影响。purify和single模式下,阈值以下的碎片不分析,如果在液滴内也会被分选出,所以阈值提高,分选速度会提高

评分

参与人数 1流星 +5 收起 理由
niwanmao + 5 感谢分享

查看全部评分

流式中文网FlowGuard®流式专用保存液,无需冻存,稳定保护各类流式样本,从容完成实验
发表于 2017-4-4 19:20:44 | 显示全部楼层
我的看法也相似,提高阈值使图形更干净,存储的数据更小。但对分选时间应该是没有影响啊。不过对分选不太精通,需要那些分选高手来解读一下@didi_zhou  @gcz5340  
组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
 楼主| 发表于 2017-4-5 08:26:48 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2017-4-4 19:20
我的看法也相似,提高阈值使图形更干净,存储的数据更小。但对分选时间应该是没有影响啊。不过对分选不太精 ...

谢谢倪老师回复 也希望大家帮我解答一下
流式中文网FlowGuard®流式专用保存液,无需冻存,稳定保护各类流式样本,从容完成实验
发表于 2017-4-5 13:37:12 | 显示全部楼层
a86856635 发表于 2017-4-5 10:02
主要和分选模式有关,分选有enrich、purify、single模式。enrich模式分选液滴中的所有阳性细胞,purify分选 ...

您好!那么对于purify和single模式,如果阈值高的话,岂不是纯度会受影响?
流式中文网FlowGuard®流式专用保存液,无需冻存,稳定保护各类流式样本,从容完成实验
 楼主| 发表于 2017-4-6 09:24:31 | 显示全部楼层
a86856635 发表于 2017-4-5 10:02
主要和分选模式有关,分选有enrich、purify、single模式。enrich模式分选液滴中的所有阳性细胞,purify分选 ...

谢谢您的说明。
那这么说的话,一定要能确定阈值之下的确实是碎片之类的杂质,如果有尺寸很小的细胞包含在阈值以下的话,势必会被分选进来影响细胞的纯度,对吧?!
组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
发表于 2017-4-7 20:59:22 | 显示全部楼层
happyeday 发表于 2017-4-5 13:37
您好!那么对于purify和single模式,如果阈值高的话,岂不是纯度会受影响? ...

purify和single模式是相对比较严格的,纯度通常不会影响很大,细胞中残留碎片其实也是很难避免的,看实际需要吧
组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
发表于 2017-4-7 21:15:45 | 显示全部楼层
steven 发表于 2017-4-6 09:24
谢谢您的说明。
那这么说的话,一定要能确定阈值之下的确实是碎片之类的杂质,如果有尺寸很小的细胞包含 ...

个人认为阈值不要切的太大,细胞碎片还是要露出一些来的以免把真正的细胞信号丢失,如果细胞很小,小到和碎片混在一起,我觉得不是细胞状态有问题就是仪器该校正了
组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
发表于 2017-4-10 11:13:15 | 显示全部楼层
a86856635 发表于 2017-4-7 20:59
purify和single模式是相对比较严格的,纯度通常不会影响很大,细胞中残留碎片其实也是很难避免的,看实际 ...

谢谢您!也就是说最后的分选纯度,其实也取决于样品的好坏。如果样品中的碎片太多,我们是无法去除得很干净的。这个对于组织来源的细胞不太容易避免。万幸的是应该不会影响实验。
流式中文网FlowGuard®流式专用保存液,无需冻存,稳定保护各类流式样本,从容完成实验
发表于 2019-2-25 10:51:46 | 显示全部楼层
本帖最后由 dlynne 于 2019-2-25 10:53 编辑

个人认为把阈值提高以后阈值以下不分析了那显示的event/s会减少,比如碎片比较多,一般流速下显示20000event/s,当提高阈值以后,同一流速下变成了5000event/s,那流速就可以提高了,分选的速度也会加快,但是去掉阈值以下的信号以后,目的细胞占ALL里的比例会提高,图形也有可能出现变化,所以阈值不能提的太高。
流式中文网FlowGuard®流式专用保存液,无需冻存,稳定保护各类流式样本,从容完成实验
您需要登录后才可以回帖 登录 | 加入流式中文网

本版积分规则 需要先绑定手机号

手机版|流式中文网 ( 浙ICP备17054466号-2|浙ICP备17054466号-2 )

浙公网安备 33038202004217号

GMT+8, 2024-3-28 22:03

Powered by Discuz! X3.5

© 2001-2024 Discuz! Team.

快速回复 返回顶部 返回列表