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[结构和原理] MDSC流式圈门的问题

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发表于 2018-6-7 16:24:46 | 显示全部楼层 |阅读模式
1流星
我做流式的时候,经常对  1. 需要分析的问题不知道应该圈哪群总细胞,还有 2. 圈的门能不能反映细胞的绝对数量的增高,恳请倪老师和大家指点。

比如说,我现在有两种小鼠A和B,想观察 某种肿瘤细胞 皮下成瘤后,肿瘤中MDSC的浸润情况,看看A,B两种小鼠中的MDSC的浸润数量有没有差异。现在先是看总的MDSC的差异,不先细分G-MDSC和PMN-MDSC。

肿瘤研磨,percoll密度离心分层分离免疫细胞、染色以后上机,那我看MDSC的时候是 看所有细胞all events中MDSC中的比例呢,还是需要先找到gr-1,CD11b双阳细胞,反圈门到FSC、SSC上找到相应的位置,然后圈上门P1,看P1门中MDSC的比例? 亦或是两种方案均有问题,我对怎么确定 细胞总群 总是理解不了逻辑精髓,即需要在哪群总细胞中分析我所要的细胞的比例。

第二个问题:我在做肿瘤中CD4 T细胞 ,CD8 T细胞数量分析的时候,先圈出CD3单阳的整个T细胞群P1,然后P1门内收确定数目(比如20000)的细胞。结果发现A鼠中的CD4 T比例增多,那我现在不知道是CD4 T细胞确实是多了呢,还是CD8 T细胞数目减少导致的CD4 T细胞相对多?流式是不是只能看比例多少,如何确定绝对数量的多少,而不是另一群细胞影响的导致的这群细胞的相对变化?

以上问题肯定大家指点。

 楼主| 发表于 2018-6-7 17:17:12 | 显示全部楼层
附曹雪涛院士编写的书里的一张图,做的是脾脏中MDSC中的情况。在FSC和SSC中,髓系的MDSC和淋巴细胞看着是能分开的,那我要想看MDSC在两种小鼠A,B肿瘤中浸润的多少,我在FSC和SSC上圈MDSC所在位置P1,然后再在P1门中的gr-1和CD11b图上 圈双阳 看比例是不是没有什么意义?
MDSC20180607160006.jpg
发表于 2018-6-7 17:51:13 | 显示全部楼层
immunology 发表于 2018-6-7 17:17
附曹雪涛院士编写的书里的一张图,做的是脾脏中MDSC中的情况。在FSC和SSC中,髓系的MDSC和淋巴细胞看着是能 ...

MDSC的设门是很需要技巧的,之前发过的一些MDSC帖子你可以先看看。
 楼主| 发表于 2018-6-7 20:36:33 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2018-6-7 17:51
MDSC的设门是很需要技巧的,之前发过的一些MDSC帖子你可以先看看。

我只查找到了您回答的一个帖子,还是不明白您圈门的道理在什么地方,望您不舍赐教。
发表于 2018-6-8 11:16:32 | 显示全部楼层
Nature Communication这篇文章的设门比较详细,不过可能偏粗一点(https://www.nature.com/articles/ncomms12150#f1)设门方法见下,从左到右依次是骨髓、外周血、脾脏的设门:
ncomms12150-f1.jpg


你所关心的比例问题,你可以按照自己需要,一般是占活的有核细胞比例,就是通过FSC-A/FSC-H排除粘连体,再通过死活染料排除死细胞,再通过CD45/FSC排除碎片,剩下的活的有核细胞,可作为分母。

 楼主| 发表于 2018-6-27 02:07:50 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2018-6-8 11:16
Nature Communication这篇文章的设门比较详细,不过可能偏粗一点(https://www.nature.com/articles/ncomms ...

请问倪老师,CD45/FSC排除细胞碎片是什么意思,查找资料没有查到,能否具体说一下,谢谢您!
发表于 2018-6-27 17:43:51 | 显示全部楼层
immunology 发表于 2018-6-27 02:07
请问倪老师,CD45/FSC排除细胞碎片是什么意思,查找资料没有查到,能否具体说一下,谢谢您! ...

由于碎片的FSC非常小,而且CD45-,所以通过纵坐标CD45、横坐标FSC,设门排除掉碎片。
发表于 2018-9-9 00:40:23 | 显示全部楼层
immunology 发表于 2018-6-7 17:17
附曹雪涛院士编写的书里的一张图,做的是脾脏中MDSC中的情况。在FSC和SSC中,髓系的MDSC和淋巴细胞看着是能 ...

亲 请问这是哪本书呀
发表于 2018-11-30 17:18:46 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2018-6-7 17:51
MDSC的设门是很需要技巧的,之前发过的一些MDSC帖子你可以先看看。

老师您好,我是做流式的新手,我的这个是4T1乳腺癌荷瘤小鼠血清的MDSC,但我完全不知道该怎么设门,所以想请教您,方便加个QQ吗, 00000000000000000000000.png

IMG_20181130_171235.jpg
发表于 7 天前 | 显示全部楼层
phosphor850 发表于 2018-11-30 17:18
老师您好,我是做流式的新手,我的这个是4T1乳腺癌荷瘤小鼠血清的MDSC,但我完全不知道该怎么设门,所以想 ...

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