大家有福了，免费流式分析和管理软件在不久的将来将面世

niwanmao

前段时间，为了寻找相关的流式设门算法，在GOOGLECODE上找到了一个PYTHON编写的流式数据分析库，看了下作者的ROADMAP，很多IDEA跟我们在意见征集贴中发表的意见一致。而且，作者Jacob做的非常详细，很多功能我们都没想到。我最近在准备编译试用，但由于编译时出现问题，无法正常编译，正在与作者联系解决，并在信中希望他能够把软件编译成windows和linux下能直接使用的软件包。
等待作者的回音，我这段时间也会努力把编译的问题解决掉，努力让大家能够早日用上这款软件。

下面是该python库的roadmap：
Introduction

Below are Ideas and road map of development.

Details

Goals

• Create a Python library for flow cytometry data analysis, data
  

  management and visualization.

  
  

2. Requirements

• [ ] Consistent API
  

2. [ ] Libraries 3. [ ] Fast

• [ ] Use optimal data structures and alogrithms
  

2. [ ] Use numpy vector calculations 3. [ ] Foreign language interface (e.g. Cython) 4. [ ] Multi-core 5. [ ] Multi-processor 6. [ ] Exploit GPU

Data structures 0/5

• [ ] FCM class 0/5
  
  • [ ] Components include FCM data, annotations
    

  2. [ ] Behaves like numpy array 3. [ ] Operations can be chained 4. [ ] Maintains audit trail 5. [ ] QA measures

2. [ ] FCM collection class 0/4

• [ ] Experimental annotations
  

2. [ ] Common gating strategy 3. [ ] Controls 4. [ ] QA measures

3. [ ] FCM Analysis classes 0/1

• [ ] Tree structure of "clusters"
  

4. [ ] FCM collection analysis class 0/0 (?)

• [ ] For comparisons of data sets in collection
  

Modules /

• [ ] IO /
  
  • [ ] FCS read and write
    

  2. [ ] Bioconductor read and write 3. [ ] XML read and write

2. [ ] Compensate /

• [ ] Automated
  

2. [ ] Manual

3. [ ] Transform /

• [ ] Log
  

2. [ ] Logicle 3. [ ] Hyperlog

4. [ ] Project /

• [ ] PCA
  

2. [ ] ICA

5. [ ] Gate /

• [ ] Polygonal
  

2. [ ] Ellipse 3. [ ] Quadrant

6. [ ] Statistics /

• [ ] Exploratory /
  

• [ ] Targeted sampling
  

2. [ ] Clustering - Bayesian EM, DP family, variational

family, search family

3. [ ] Classification - mode hunting 4. [ ] Marker analysis - DiME

2. [ ] Inference /

• [ ] Data comparisons
  

2. [ ] Time series analysis 3. [ ] Stochastic shotgun search

7. [ ] Graphics /

• [ ] Gating
  

2. [ ] Statistical graphics

8. [ ] GUI /

• [ ] Web
  

2. [ ] Application

9. [ ] Data management /

• [ ] Database interface
  

2. [ ] Network interface

• . [ ] Parallel /
  
  • [ ] Multiprocessing
    

  2. [ ] MPI 3. [ ] Map-reduce with Hadoop/Dumbo

chujindong

虽然不懂，还是精神上支持一下站长！加油啊！

niwanmao

chujindong 发表于 2011-6-23 19:54

                               
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虽然不懂，还是精神上支持一下站长！加油啊！

通过描述，这款软件应该是比较不错的，可惜似乎作者在某些方面还没有完善，我这么多天还是没有成功编译。给作者发过email，就回了一次，后来就不回了，估计杜克大学的人比较傲。
我接下来再努力努力看，找找那些懂python的人试试。

stef1981

站长辛苦了

jus_immo

倪老师加油~~期待FCS Manager早日面世~~~

haven_t

在Modules 中看到Logicle 和Hyperlog，恕我多口提醒一下，Logicle 转换似乎在美国申请了专利，您可以上美国的专利局上查一下，好像是在申请通过后才在cytometry上发表了相关的文章，所以最好还是回避，毕竟只是一个算法而已，可以绕过去的，而且这个东西大家不会太在意的。

niwanmao

haven_t 发表于 2011-8-3 16:49

                               
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在Modules 中看到Logicle 和Hyperlog，恕我多口提醒一下，Logicle 转换似乎在美国申请了专利，您可以上美国 ...

的确如此。
http://www.google.com.hk/patents/about?id=AeSaAAAAEBAJ
感谢提醒。

mary_jhy2

   站长费心了！赞一个！

haven_t

我有同事在杜克大学进修哦，作者是谁啊,哪个系的? 我可以叫他帮忙联系一下

chilliping

加油！真是惊喜加感激