如何根据多组学数据确定增加流式细胞术设门免疫细胞群纯度的其他标志物
2024年4月18日,Front Immunol杂志上,Pernes JI等人开发了一种名为 AlliGateR(All marker enrichment for additional flow-cytometric GATEs for purer populations) 的工具,根据多组学数据,确定了可以增加流式设门免疫细胞群纯度的额外标记物。AlliGateR 使用机器学习方法,采用最大平均差异 (MMD) 来识别标记物,可以更好地区分真实群体和从多组学数据中识别的干扰群体。在选择额外的标记物时考虑了生物相关性和谱系定义,而不是激活状态。
使用额外CD20、CD21和 CD24 设门以增加初始和记忆群体纯度
基于 AlliGateR 分析,确定了CD20、CD21和 CD24 的组合是区分真阳性初始、未转换记忆和转换记忆 B 细胞与杂质的最佳标记物。使用这些标记物进行了额外的非线性设门,与原始标准设门相比,增加了初始(增加了7.62%)、未转换记忆(增加了4.70%)和转换记忆(增加了2.82%)群体的总体纯度。
参考文献:Pernes JI, Alsayah A, Tucci F, Bashford-Rogers RJM. Unravelling B cell heterogeneity: insights into flow cytometry-gated B cells from single-cell multi-omics data. Front Immunol. 2024;15:1380386. Published 2024 Apr 18. doi:10.3389/fimmu.2024.1380386