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标题: 从一幅图看补偿是否调整到位 [打印本页]

作者: niwanmao 时间: 2013-10-30 14:53
标题: 从一幅图看补偿是否调整到位
一般看补偿是否调整到位，是看mean值的，可分别用log模式和logicle模式验证一下，下图演示了两种模式正确和错误的调整方式：
[attach]4704[/attach]

作者: xlswy1984 时间: 2013-10-31 04:29
学习了，好图

作者: 人间天堂 时间: 2013-11-1 09:07
本帖最后由人间天堂于 2013-11-1 09:14 编辑

学习了，谢谢倪老师！

作者: huikaimin 时间: 2013-11-4 11:17
原来如此，谢谢。

作者: happyxiaoli 时间: 2013-11-13 09:03
学习了谢谢！

作者: yuemin5 时间: 2013-11-24 10:21
不是很理解，意思是B门和C门的中心点Y值应该一致是吗？

作者: niwanmao 时间: 2013-11-24 10:34

yuemin5 发表于 2013-11-24 10:21

登录/注册后可看大图

不是很理解，意思是B门和C门的中心点Y值应该一致是吗？

是的

作者: hwl985 时间: 2013-12-4 11:24
学习了，谢谢分享

作者: 一丁点儿 时间: 2013-12-10 22:02
老师，想请教下logicle view是什么意思啊？它和log view的视图有什么差别吗？或者说各自有什么优势和特点啊？最近我发现做实验的结果显示很奇怪，在上机的时候图还是圆的，上机完之后定下的图就是长条型了，给人的感觉就是被压了似的。

作者: niwanmao 时间: 2013-12-10 22:22

一丁点儿发表于 2013-12-10 22:02
老师，想请教下logicle view是什么意思啊？它和log view的视图有什么差别吗？或者说各自有什么优势和特点啊 ...

logicle又称双指数转换，是为了显示负值的细胞信号而发明的算法，所以其优势就是可以使负值信号完整的显示出来。
而log不行。
至于你所说的获取时圆的，完了之后成长条形不知道是什么意思？我估计可能是获取时细胞数量显示得少，造成视觉上的错觉。

作者: 一丁点儿 时间: 2013-12-10 22:32

niwanmao 发表于 2013-12-10 22:22
logicle又称双指数转换，是为了显示负值的细胞信号而发明的算法，所以其优势就是可以使负值信号完整的显 ...

我想表达的长条形就如同你传上的logicle view里面的C门的那种形状，不过口头描述确实比较难理解，今天做的结果出现这样的情况很明显，明天我把数据拷回来了上传给您看看。大伙儿都在纳闷儿是咋回事儿呢。。。

作者: cassiopeia 时间: 2013-12-18 14:58

一丁点儿发表于 2013-12-10 22:32
我想表达的长条形就如同你传上的logicle view里面的C门的那种形状，不过口头描述确实比较难理解，今天做 ...

我好像能理解你说的意思，我的也是一直在纠结怎么能变圆一些好看点，但是初步估计是细胞状态不好！

作者: cassiopeia 时间: 2013-12-18 14:58

一丁点儿发表于 2013-12-10 22:32
我想表达的长条形就如同你传上的logicle view里面的C门的那种形状，不过口头描述确实比较难理解，今天做 ...

我好像能理解你说的意思，我的也是一直在纠结怎么能变圆一些好看点，但是初步估计是细胞状态不好！

作者: hbezyr 时间: 2013-12-26 13:43
嗯,老师啊,这个到底是看Mean,还是看Median啊？？

作者: niwanmao 时间: 2013-12-26 16:11

hbezyr 发表于 2013-12-26 13:43
嗯,老师啊,这个到底是看Mean,还是看Median啊？？

是median，不好意思，笔误

作者: 麦冬丫 时间: 2014-7-15 20:28
我看的不大明白，新手，想请教下：
调补偿成功的指标是把B和C的median值调成一样？all的median值要和B和C一样么？

作者: niwanmao 时间: 2014-7-16 15:05

麦冬丫发表于 2014-7-15 20:28
我看的不大明白，新手，想请教下：
调补偿成功的指标是把B和C的median值调成一样？all的median值要和B和C一 ...

就是B和C，一群代表阳性细胞，一群代表阴性细胞。

作者: 麦冬丫 时间: 2014-7-22 14:12

niwanmao 发表于 2014-7-16 15:05
就是B和C，一群代表阳性细胞，一群代表阴性细胞。

谢谢老师的回复，我看明白了。
多谢！

作者: peansant 时间: 2014-8-8 08:41
本帖最后由 peansant 于 2014-8-8 11:24 编辑

这幅图是怎么做的？
我以一个已经补偿过的8色sample做例子，麻烦高手帮我看看有什么问题。
1. 将一个已经补偿过的sample拉入Flowjo
2. 设门圈定所需细胞，命名MSC；
3. 打开MSC，选定两个通道，并进行双指数转换；
4. 设定两个门，命名为neg和pos；
5.添加统计数据，选定Y轴通道上的Median；
详细见下图，请问：
1. 版主下面那个Median的表格是怎么做出来的；
2.我是否应该选择单染管的来分析，而不是8色的sample；
3.像我这种8色管(附件的001)，已经让别人帮忙调补偿，我没有单染管数据，只有未加抗体的neg contr组（附件的001 blank），该怎样分析补偿是否调好。

作者: niwanmao 时间: 2014-8-8 21:02

peansant 发表于 2014-8-8 08:41
这幅图是怎么做的？
我以一个已经补偿过的8色sample做例子，麻烦高手帮我看看有什么问题。
1. 将一个已经补 ...

1、顶楼的图是用beckman kaluza软件做的，但原理是通的。
2、最好用单染管分析，如果该类细胞不表达这个抗原，可以考虑用补偿微球。
3、如果没有单染管数据，要分析是否补偿到位，我觉得经验很重要。

作者: 路人丙 时间: 2015-9-8 22:30

niwanmao 发表于 2013-11-24 10:34
是的

老师您好，看补偿调节到位，比较Xmean Ymean 只是看单阳细胞群和阴性细胞群吗双色的双阳群和单阳群比较没有意义是吗

作者: niwanmao 时间: 2015-9-9 09:31

路人丙发表于 2015-9-8 22:30
老师您好，看补偿调节到位，比较Xmean Ymean 只是看单阳细胞群和阴性细胞群吗双色的双阳群和单阳群比较 ...

看单阳性和阴性。直接看双阳性那就不是正确的补偿对照了。

作者: 路人丙 时间: 2015-9-18 20:18

niwanmao 发表于 2015-9-9 09:31
看单阳性和阴性。直接看双阳性那就不是正确的补偿对照了。

是调好补偿后，双阳的细胞群和单阳的细胞群满足X-mean或Y-mean值相等吗，是双阳群和单阳群比较

作者: niwanmao 时间: 2015-9-18 22:20

路人丙发表于 2015-9-18 20:18
是调好补偿后，双阳的细胞群和单阳的细胞群满足X-mean或Y-mean值相等吗，是双阳群和单阳群比较
...

单染，看单阳性和阴性群

作者: dlynne 时间: 2016-1-27 11:10
请问楼主这个median和mean的意思分别是什么？为什么补偿是否做的好要看median？谢谢！

作者: dlynne 时间: 2016-1-27 14:40
还有个问题，楼主在
为什么会存在荧光补偿？如何调节？看图！
http://www.flowcyto.cn/bbs/thread-4768-1-1.html
这个帖子中写的是MFI和Mean，到底是怎样回事呢？
谢谢！

作者: niwanmao 时间: 2016-1-27 17:17

dlynne 发表于 2016-1-27 11:10
请问楼主这个median和mean的意思分别是什么？为什么补偿是否做的好要看median？谢谢！ ...

这些都是基本概念。
站内发过，请注意搜索。

作者: dlynne 时间: 2016-1-29 08:56
本帖最后由 dlynne 于 2016-1-29 09:06 编辑

可是搜多了才发现有些地方写的是mean，有的地方写的是median啊，第一幅图是”为什么会存在荧光补偿？如何调节？看图！“的帖子里正确补偿的截图，第二幅图是本帖的截图，一个是Mean，一个是Median，这不是矛盾吗？请赐教。
[attach]9349[/attach][attach]9350[/attach]

作者: niwanmao 时间: 2016-1-29 14:45

dlynne 发表于 2016-1-29 08:56
可是搜多了才发现有些地方写的是mean，有的地方写的是median啊，第一幅图是”为什么会存在荧光补偿？如何调 ...

Median更好。当一个群体分布呈正态分布时，Geomean和Median相等。但如果不均匀分布，那么Median更能反应补偿是否调节到位。

作者: riverhejiang 时间: 2018-4-11 17:17
倪老师，这个y-med是什么意思？我在beckman的机器里应该看哪个

作者: niwanmao 时间: 2018-4-12 14:07

riverhejiang 发表于 2018-4-11 17:17
倪老师，这个y-med是什么意思？我在beckman的机器里应该看哪个

Beckman机器里面看Y轴的Median。

作者: 巢洲男孩 时间: 2018-5-23 14:04
以后也要步入流式道路了，学习了

作者: summerWu 时间: 2018-7-23 15:15
学习了。谢谢

作者: 奇祥玉 时间: 2020-11-12 10:23
谢谢！作为小白，找到这种神仙网站，简直是福音，虽然大多看不懂，但是能有这么多资源分享，还是谢谢站长，感觉找到组织了，哈哈哈~~~

作者: wmj123456 时间: 2023-5-8 19:15

niwanmao 发表于 2016-1-29 14:45
Median更好。当一个群体分布呈正态分布时，Geomean和Median相等。但如果不均匀分布，那么Median更能反应 ...

倪老师，好像mean和median的差异不是很大。我有个疑问，如果做单染补偿的时候，阴性和阳性在Y轴上的mean或者median差异很大，甚至一个是负值，一个是正值，很难调成接近的状态，或者是呈现喇叭的状态，这种该怎么办呢？

作者: niwanmao 时间: 2023-5-8 20:30

wmj123456 发表于 2023-5-8 19:15
倪老师，好像mean和median的差异不是很大。我有个疑问，如果做单染补偿的时候，阴性和阳性在Y轴上的mean ...

当出现这种情况的时候，得加大Y轴参数的电压，使其计算Median不受0影响。
另外，喇叭形，就是我们以前帖子中说过的Spreading Error过大，说明该荧光素不是很适合搭配。

作者: wmj123456 时间: 2023-5-8 22:19

niwanmao 发表于 2023-5-8 20:30
当出现这种情况的时候，得加大Y轴参数的电压，使其计算Median不受0影响。
另外，喇叭形，就是我们以前帖 ...

嗯，我也觉得可能是荧光素本身搭配的问题，也有存在共表达的情况。下次加大Y轴参数的电压我试试。对了，倪老师，如果是A通道信号会溢漏到B通道，通过加大A通道的电压，减小B通道的电压，这样也会使他们的补偿好调一些吗？

作者: niwanmao 时间: 2023-5-9 08:11

wmj123456 发表于 2023-5-8 22:19
嗯，我也觉得可能是荧光素本身搭配的问题，也有存在共表达的情况。下次加大Y轴参数的电压我试试。对了， ...

视觉上好调一些，但实际上电压是有优化要求的，之前有帖子里面提到过。

作者: wmj123456 时间: 2023-5-9 09:15

niwanmao 发表于 2023-5-9 08:11
视觉上好调一些，但实际上电压是有优化要求的，之前有帖子里面提到过。 ...

好的，谢谢倪老师，我在站内搜索看一下

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