流式统计，用细胞数量绝对值好？还是比例好一点。

DC_Cooper

经常看到高分文献，他们统计了一个器官所有细胞，统计图往往是某个亚型细胞的数量绝对值。

这里有个疑问：1.是否需要考虑小鼠器官的差异性，比如有的老鼠这个器官比较大，细胞数量就多，有的老鼠器官小，细胞就少？
2.上机的时候，需要将这个器官的所有细胞都上机吗？还是上一定比例的细胞，然后通过换算，得到整个细胞数量的估算值？

                               
登录/注册后可看大图

                               
登录/注册后可看大图

DOI：10.1126/scitranslmed.abc7029                           DOI:10.1038/s41467-020-17564-z

DC_Cooper

自己顶一个   谢谢各位大佬
以下是引用的两篇文献  一篇STM  一篇NC
Brain injury instructs bone marrow cellular lineage destination to reduce neuroinflammation

Spinal cord injury causes chronic bone marrow failure

zdvfsadb

一般用True Count Tube比如BD Trucount™ Absolute Counting Tubes去统计、换算，得出所制备样本的绝对计数，可信度会高一些。但个人感觉，大前提是组织必须定量，比如一侧大脑半球，全部肝脏等，这样才有可比性

DC_Cooper

顶一顶顶一顶顶一顶顶一顶

DC_Cooper

顶一顶顶一顶顶一顶顶一顶

DC_Cooper

顶一顶顶一顶顶一顶顶一顶

wxd

流式细胞仪在收集样品的时候是很难把离心管里的细胞全部收集完毕的。个人感觉应该是作者称量了整个器官的重量，然后切了其中一部分称量后制备成单细胞，用一定体积的缓冲液重悬之后，流式细胞仪检测特定细胞的密度，然后换算的。
因为动物实验通常周期都比较长，杀小鼠取器官也比较复杂，不太可能一个动物模型做很多次，然后用于不同目的的检测的。刚刚粗略看了一下，文章里边说做了流式和荧光定量PCR，应该就是同一个器官，称重之后切成两部分或者更多，分开做的实验。

niwanmao

DC_Cooper 发表于 2023-9-11 10:41
自己顶一个   谢谢各位大佬
以下是引用的两篇文献  一篇STM  一篇NC
Brain injury instructs bone marrow c ...

前几天没注意到你的帖子。今天才看到。

我大致看了下，Spinal cord injury causes chronic bone marrow failure这篇做的是骨髓中的造血细胞，本身是单细胞悬液，利用绝对计数微球很容易实现，是非常成熟的。

至于另一篇Brain injury instructs bone marrow cellular lineage destination to reduce neuroinflammation看到了计算大脑巨噬细胞的图，从实验步骤可见，并非称重，而是首先全部制成单细胞悬液，然后取其中一部分绝对计数，最后乘以总体积。实验步骤：将小鼠整个大脑组织切碎并在37°C下用胶原酶IV消化30分钟，去除髓鞘碎片后，通过30% Percoll离心分离出单个细胞，再用1%牛血清白蛋白缓冲液进行抗体染色。

DC_Cooper

niwanmao 发表于 2023-9-14 14:48
前几天没注意到你的帖子。今天才看到。

我大致看了下，Spinal cord injury causes chronic bone marrow  ...

谢谢老师

DC_Cooper

wxd 发表于 2023-9-14 09:24
流式细胞仪在收集样品的时候是很难把离心管里的细胞全部收集完毕的。个人感觉应该是作者称量了整个器官的重 ...

谢谢老师   应该是这样的