细胞分群之NK

养老院VIP少女

各位老师同学们，我在分析肿瘤和脾脏NK细胞分群时，不确定NK细胞是哪一群，特来请教，感谢大家的解答！

圈门策略：主要细胞群-单细胞群-活细胞-CD45+（分群明显） - CD3-NK1.1+
tumor细胞分群情况：10^2以上有一长坨，阴阳群不明显；10^4有一细胞群。
细胞占比情况：10^4这一细胞群占LLC-tumor中CD45+的5%，如果加上10^2以上这一长坨，占LLC-tumor中CD45+的32.2%。
spleen细胞分群情况：如下图（比肿瘤中分群清晰），
问题：个人感觉tumor中10^4这一细胞群才是NK细胞（从占比情况分析）。为什么有10^2以上这一长坨细胞群出现？在spleen中，似乎有一群CD3+NK1.1+/mid的细胞，这是什么细胞？

niwanmao

你这个方案里面，一共哪些抗体？各抗体的荧光素分别是什么样的？是否荧光渗漏导致？

养老院VIP少女

niwanmao 发表于 2024-6-25 15:36
你这个方案里面，一共哪些抗体？各抗体的荧光素分别是什么样的？是否荧光渗漏导致？ ...

感谢老师的回复！！
1.抗体共10种：

ZOMBIE-BV510
CD45-BUV396
CD3-PERCPCY5.5
CD4-BV605
CD8-BV650
NK1.1-PECY7
IFNgama-APC
TNFalpha-BV421
GranB-PE
Perforin-FITC
2.是否荧光泄露导致-在单阳管补偿矩阵上进行了微调，由于抗体很多，没做FMO，有时候发现根据单阳管调的补偿在样品管里，并不是很好。这种问题应该怎么解决呢。

养老院VIP少女

niwanmao 发表于 2024-6-25 15:36
你这个方案里面，一共哪些抗体？各抗体的荧光素分别是什么样的？是否荧光渗漏导致？ ...

补偿图里，PE和BV605调的不好，调整过后，对CD3-NK1.1的流式图不影响。
gate策略：单细胞-活细胞-CD45+-CD3和NK1.1，圈出NK细胞和CD3+NK1.1-细胞，之后在CD3+NK1.1-细胞中根据CD4和CD8分出CD4T和CD8T细胞，这两群T细胞分群明显，补偿很好

niwanmao

养老院VIP少女 发表于 2024-6-25 17:04
补偿图里，PE和BV605调的不好，调整过后，对CD3-NK1.1的流式图不影响。
gate策略：单细胞-活细胞-CD45+-C ...

从图上看，确实是BV系列与PE-cy7之间的非特异性荧光导致那些假弱阳性的群体出现，所以只能圈最高的这群

养老院VIP少女

niwanmao 发表于 2024-6-25 20:30
从图上看，确实是BV系列与PE-cy7之间的非特异性荧光导致那些假弱阳性的群体出现，所以只能圈最高的这群 ...

老师您好，您说的BV系列与PE-CY7非特异荧光是怎么看出来的呢？作为流式小白我是这样看补偿好不好的，以BV650和PE-CY7的补偿图来看，BV650的好像都在Y轴上，PE-CY7也都在X轴，并且阴阳群分的也很明显，因此我觉得这两个荧光素补偿是OK的。

niwanmao

养老院VIP少女 发表于 2024-6-26 11:06
老师您好，您说的BV系列与PE-CY7非特异荧光是怎么看出来的呢？作为流式小白我是这样看补偿好不好的，以BV ...

单阳调到位，但是中间对角线上这么多非特异信号有没有注意到？我指的是这些信号导致你前面分析中出现的弱阳，从PE-cy7和BV各通道分布画出散点图，你才能看出这些信号是假阳性。