FMO对照中假阳性的比例设为多少合适

钢蛋儿

我设置了FMO对照（此管未标记PE-Foxp3），Gate 1中假阳性比例为0.247%，而Gate 2中由于outliers的存在假阳性为0%。
到底假阳性的比例应该为多少合适？记得有个论坛上说可以控制在α=0.05或者0.01，那换算过来就是5%或1%，觉得有太大了！谢谢指教

Gate 1

Gate 2

niwanmao

钢蛋儿 发表于 2014-4-4 13:28
只是觉得边界的位置凭肉眼放不科学，特别是对于表达比例低的亚群~

marker放置的原则就是使FMO或同型对照的阳性率<1％，至于边界的位置判断如果觉得不科学，那么就用等高线图。
我觉得，对于流式结果分析，目前的情况是多数人认同，就是科学，比如你第二幅设门拿出去，肯定没几个人认可。

niwanmao

我觉得无需纠结，应选第一种，以右边界为准，那些散在的信号属于outlier。

钢蛋儿

niwanmao 发表于 2014-4-4 12:50
我觉得无需纠结，应选第一种，以右边界为准，那些散在的信号属于outlier。

只是觉得边界的位置凭肉眼放不科学，特别是对于表达比例低的亚群~