关于设门的一个问题

cellprobe

我今天收集的细胞样品中碎片很多，在FSC/SSC散点图里面就能看出来。所以我在收集数据的时候设门去除细胞碎片，尽量使gate 里面的细胞是1万个。

可是等到我用Flowjo分析数据的时候发现在流式细胞仪上设的gate根本没用，细胞碎片还是超多，以至于我想要的细胞数量太少。

请问是我收集数据的时候设门不够正确吗？

xjwl8587

其实我觉得对于debris你应该在收集数据的时候做两项事情：
1）你需要提高threshold的值，这样机器就会自动把这部分的去掉。就像刚做过Ficoll的PBMCs有很多的deris and red cells。如果我们仍按按照既往做的setup来收集数据，最后绝大部分的dots都是死细胞。
2）你在设置stop acquisition events的时候你应该设置在gate里面收集多少细胞后停止。

对于你已经收集好的标本，无论通过什么方式你都没有可能增加活细胞的数目，只能通过各种方式来使图变得好看吧。
最好的解决办法就是重新做。
希望能有所帮助

niwanmao

cellquest的 Acquistion and Storage窗口里面你是不是没设置要保存的门？所以就把所有的数据（包括碎片）都保存到FCS文件了。

cellprobe

niwanmao 发表于 2014-10-17 21:07
cellquest的 Acquistion and Storage窗口里面你是不是没设置要保存的门？所以就把所有的数据（包括碎片）都 ...

应该是这个问题。谢谢。我回去好好看看Calibur设门的问题。

cellprobe

倪老师，有什么补救的办法吗？

niwanmao

cellprobe 发表于 2014-10-19 09:36
倪老师，有什么补救的办法吗？

可以用flowjo或其它第三方软件设门圈好有核细胞，然后导出该门内的细胞为新的FCS文件。不过我觉得不导出也不影响你的分析啊。

cellprobe

niwanmao 发表于 2014-10-19 15:21
可以用flowjo或其它第三方软件设门圈好有核细胞，然后导出该门内的细胞为新的FCS文件。不过我觉得不导出也 ...

您是觉得我的实验应该重新做了？因为可以分析的活细胞只有百分之几。

niwanmao

cellprobe 发表于 2014-10-19 19:38
您是觉得我的实验应该重新做了？因为可以分析的活细胞只有百分之几。

是不是需要重新做是要看你自己分析出来结果如何，不是我说了算。你前面问我是不是可以从中只导出需要的细胞，我说可以。