数据分析方法求助（选择MFI是否合适？）

chuan560 · 发表于 2015-5-9 00:22:49

本帖最后由 chuan560 于 2015-5-9 00:22 编辑

最近做NK细胞的功能研究，但是在分析数据的时候遇到问题，处理后的阳性百分数较低，感觉用百分比表示不能准确的反应真实结果，不知能否用MFI表示？MFI一般用于什么情况？谢谢
图示检测的是颗粒酶B 的表达情况，最左边的是对照，右面三个是处理组。貌似符合正态分布！

实验条件完全一致，染色过程完全相同，各组细胞数一致，电压、补偿完全相同，细胞为纯化的NK细胞纯度95%以上；主要目的是判断处理组之间颗粒酶B表达是否有差异，不知用MFI可行否？

niwanmao · 发表于 2015-5-9 00:22:50

这个比例感觉应该还可以啊，我觉得你是否重复三次看看，实在不行再用MFI。对于颗粒酶这种分群还可以的标记，最好用百分比。

chuan560 · 发表于 2015-5-9 19:10:15

本帖最后由 chuan560 于 2015-5-9 20:03 编辑

谢谢倪老师，这里面还有个问题是百分比结果和MFI结果不一致。不知道哪个更能反映真实数据？根据预期实验结果，感觉MFI比较符合。
NK细胞本身就有颗粒酶B的表达，处理后只是表达量的改变，并且流式结果也显示荧光信号整体右移，百分比只是显示了颗粒酶B表达非常强的一小部分NK，是不是MFI能够真实一些？不知道这么理解是否合适？谢谢

niwanmao · 发表于 2015-5-10 10:58:57

chuan560 发表于 2015-5-9 19:10
谢谢倪老师，这里面还有个问题是百分比结果和MFI结果不一致。不知道哪个更能反映真实数据？根据预期实 ...

颗粒酶B我平时没检测过，但根据资料显示，似乎分群应该不错的。因为你的实验目的就是为了验证处理后颗粒酶B的表达增高，所以我建议以表达百分比为首选，MFI只适合那些不分群而整体发生偏移的指标。

小憨 · 发表于 2015-5-11 23:41:51

我曾经也遇到过同样的问题，也查阅过大量资料，我就谈谈自己的经验，仅供参考。
下图左边是你未刺激的细胞，红圈表示颗粒酶B表达阳性细胞，表达量是圈内数字；右边是刺激后的细胞，可以分为两种情况：一是比较常见的情况，阳性细胞个数增加了，但是每个细胞颗粒酶B的表达量还是10；二就是你遇到的情况，虽然阳性细胞个数的百分比不变，但是每个阳性细胞颗粒酶B的表达量都增加了。如果遇到第二种情况的话，就需要用MFI作为统计值了。
其实这也是流式强大的地方，如果换为用western检测的话，右边两种情况是不能区分开的，因为所有细胞颗粒酶B的表达总量是一致的；但流式就能将这两种情况区分开。

niwanmao · 发表于 2015-5-12 16:23:40

小憨发表于 2015-5-11 23:41
我曾经也遇到过同样的问题，也查阅过大量资料，我就谈谈自己的经验，仅供参考。
下图左边是你未刺激的细胞 ...

图做得很好。不过荧光强度基本上都是用geomean或median计算，可能图中数据还需要推敲

小憨 · 发表于 2015-5-12 16:45:35

niwanmao 发表于 2015-5-12 16:23
图做得很好。不过荧光强度基本上都是用geomean或median计算，可能图中数据还需要推敲 ...

嗯，请倪老师帮我完善一下~

lqj110 · 发表于 2019-6-4 13:43:23

老师请问，MARKER线是怎么画的？

lqj110 · 发表于 2019-6-4 13:43:49

niwanmao 发表于 2015-5-12 16:23
图做得很好。不过荧光强度基本上都是用geomean或median计算，可能图中数据还需要推敲 ...

请问老师，MARKER线是怎么画的？

niwanmao · 发表于 2019-6-4 22:20:38

lqj110 发表于 2019-6-4 13:43
请问老师，MARKER线是怎么画的？

分析软件里面有，直方图用区域门，散点图用十字门、矩形门、多边形门等等

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