modfit LT和flowjo分析结果差异大，求大神帮忙重新分析下

椴树

1是293T不做处理直接染PI的数据，8是293T转染空载24h后饥饿24h，然后10%FBS刺激6h，染PI，9是293T转过表达载体24h后饥饿24h，然后10%FBS刺激6h，染PI。我用flowjo分析的结果是各个时期差别不大，不符合我的预期，然后我用modfit LT分析后差别很大 符合我的预期，但是我是第一次用modfit LT，我怀疑自己分析的不准确，而且我分析8号的时候选好门之后，黑白图出来后，直接点“auto”是可以拟合出各个时期的（我没有动任何参数），但是同样操作9号的时候就是点“auto”没有出来各个时期的数据，还是一条黑线，没有填充红色，网线，和黄色，我点“mode”选择 “cell cycle” 然后出来anG1 anG2的线门让我画，我就随便画了一下，出来黄色的区域，但是还没有各个时期百分比数据，此时点击“Fit”出现各个时期的拟合以及百分比，但是G1和G2都是黄色的，S是网线，我想知道为什么9号数据不能直接 auto，因为mode选好后是要手动的吧，但是手动调节我完全无章可循啊，求大神帮忙分析下数据。

niwanmao

看了下，你这两个标本粘连都太厉害，所以你如果不排除粘连体没法分析。
008号标本：




009号标本：

椴树

niwanmao 发表于 2015-6-29 22:57
看了下，你这两个标本粘连都太厉害，所以你如果不排除粘连体没法分析。
008号标本：

老师，我补传了 我当时自己分析的，008是auto直接分析的，009无法auto，（分析前都排除了粘连体）随便画了门之后fit的。我不知道为什么009无法auto

niwanmao

椴树 发表于 2015-6-29 23:39
老师，我补传了 我当时自己分析的，008是auto直接分析的，009无法auto，（分析前都排除了粘连体）随便画了 ...

不要auto，用我给你的方式分析。

wmingzhen

niwanmao 发表于 2015-6-30 08:45
不要auto，用我给你的方式分析。

倪老师，你给他的方式是什么方式啊？我也想学学。一般能auto我都用auto，不能auto的，我才用手动分析。我用的软件是modfit。

niwanmao

wmingzhen 发表于 2015-6-30 16:15
倪老师，你给他的方式是什么方式啊？我也想学学。一般能auto我都用auto，不能auto的，我才用手动分析。我 ...

手工分析，就按照上面这个图形放好位置就行啊。

椴树

niwanmao 发表于 2015-6-30 19:28
手工分析，就按照上面这个图形放好位置就行啊。

老师，请问modfit 里头的Sync Wizard 什么情况下使用呢？我自己手动分析时，RCS总是大于3，然后我就用Sync Wizard分析了，把里头的 G1和G2分别固定峰值，发现RCS降下来了，但是峰图跟不使用时差别很大，主要是S期，你上面分析的图形都是一个很平的平台，但是用Sync的话，就有点像flowjo的峰型了，S期不是一个很平的平台，而是不规则的，斜的，我看过的文献几乎modfit处理的周期图形都是你上面这种很平的平台。

niwanmao

椴树 发表于 2015-7-7 00:29
老师，请问modfit 里头的Sync Wizard 什么情况下使用呢？我自己手动分析时，RCS总是大于3，然后我就用Syn ...

sync wizard用于同步化细胞的周期分析。可以借助这个wizard确定G2:G1的比例，但最后分析还是用manual方法分析。

拟合后的图形是斜的还是不规则的不重要，因为都是模型。

小小研究生

niwanmao 发表于 2015-6-29 22:57
看了下，你这两个标本粘连都太厉害，所以你如果不排除粘连体没法分析。
008号标本：

请问老师FL2-A，FL2-w表示的是什么参数？怎么跟我的很不同

niwanmao

小小研究生 发表于 2015-7-10 22:45
请问老师FL2-A，FL2-w表示的是什么参数？怎么跟我的很不同

BD机器上的参数，FL－2表示PI。