找回密码
 加入流式中文网

QQ登录

只需一步,快速开始

查看: 3409|回复: 8

[流式相关软件] 流式检测中,给出了两个样品细胞的Geo mean,要比较这两组...

[复制链接]
发表于 2016-6-15 09:07:23 | 显示全部楼层 |阅读模式
悬赏1流星未解决
实验步骤如下:
1,两个细胞样品,分别做AB处理,然后用荧光染料染色,(还有个没有染荧光的对照样品C)用仪器FACSCantoTM flow cytometer (BD Biosciences)做的流式,操作员给了我后缀为.fcs的文件。
2,由于自己的电脑没有流式软件,网上下了一个“WinMDI 29 流式 图处理软件”,不但可以将两个样品的结果叠加到一张图上(如图1),还给了我GMeanCV等值(如下表)。
(样品C
File: Specimen_006_Tube_012.fcs   
Sample ID: Specimen_006
Gates:
Gated Events: 10000
Param name     M  Low,Hig Events %Total  %Gated   GMean     CV   Peak,Value
PE-            0    0,1023  10000 100.00  100.00     4.72  58.85    1031,1
(样品A
File: Specimen_006_Tube_013.fcs
Sample ID: Specimen_006
Gates:
Gated Events: 10000
Param name     M  Low,Hig Events %Total  %Gated   GMean     CV   Peak,Value
PE-            0    0,1023  10000 100.00  100.00    46.59  17.37     102,33.9821
(样品B
File: Specimen_006_Tube_014.fcs
Sample ID: Specimen_006
Gates:
Gated Events: 10000
Param name     M  Low,Hig Events %Total  %Gated   GMean     CV   Peak,Value
PE-            0    0,1023  10000 100.00  100.00    84.90  10.69     106,89.7687
我的问题是:
1GMean应该就是geo mean吧?我要比较这两个样品发出的荧光,可以用“样品AGMean” 比上“样品BGMean”么? 比如,用46.59/84.9  ?
目前看的关于流式的文章不多,大多用图形来表示流式的结果。现在给我数值,我觉得不用挺可惜的,在文章的结果中如何表达呢? 查英文有“Geometric mean ratio”一个术语呢,可是根据关键词找到的全文文章都不能给我作为模板参考呢。
2CV一般不都是SEmean的比值么?用%表示么?现在分析给我的CV值是个两位数的值,它是想表示58.85%呢,还是CV值就是58.85这么大?

流式中文网FlowGuard®流式专用保存液,无需冻存,稳定保护各类流式样本,从容完成实验
发表于 2016-6-15 15:30:11 | 显示全部楼层
1、你的目的是比较两个标本之间的变化倍数?首选百分比,如果百分比差别不明显,尝试一下直接用MFI进行统计学比较,而不是相除或相减。

2、是的,CV是有%的。
组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
 楼主| 发表于 2016-6-16 10:40:05 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2016-6-15 15:30
1、你的目的是比较两个标本之间的变化倍数?首选百分比,如果百分比差别不明显,尝试一下直接用MFI进行统计 ...

谢谢回复!
第二个问题已经明白了。
第一个还是不懂。两个样品,一个是细胞,另一个是在此细胞基础上提取的细胞核。我想表达细胞核里的荧光 远远低于 整个细胞吸收的荧光。
“首选百分比”,请问是指哪个数据?是指 %Total 还是 %Gated?请问可否给一篇类似的范例文章呢?不知道发表文章时应该如何去表达这个百分比,是作图还是做表....
组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
 楼主| 发表于 2016-6-16 12:09:22 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2016-6-15 15:30
1、你的目的是比较两个标本之间的变化倍数?首选百分比,如果百分比差别不明显,尝试一下直接用MFI进行统计 ...

MFI指的是平均荧光强度,那在这里就是用geo mean吗?可是每个样品只有一个geo mean, 一共就两个样品,那么进行统计学比较呢?
组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
发表于 2016-6-16 15:17:33 | 显示全部楼层
liyue1718408 发表于 2016-6-16 10:40
谢谢回复!
第二个问题已经明白了。
第一个还是不懂。两个样品,一个是细胞,另一个是在此细胞基础上提取 ...

既然你设了Gate,肯定是用%Gated。这个为什么要需要范例文章?
流式中文网FlowGuard®流式专用保存液,无需冻存,稳定保护各类流式样本,从容完成实验
 楼主| 发表于 2016-6-17 15:27:06 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2016-6-16 15:17
既然你设了Gate,肯定是用%Gated。这个为什么要需要范例文章?

大约是流式检测时操作的人员给我设了gate。
有了%Gate,我还是不会比较两个样品的差异。请问哪里有gate 统计比较的学习资料?
我所看的指导资料 只教到圈一个gate,然后经过一番软件点击,会出来点状图、直方图等等图。但是如何通过图像分析软件给出的每个样品的%gate来做下一步的统计比较,真找不到。

要范例文章是因为没写过关于流式结果的英文文章,所以想照葫芦画瓢....
流式中文网FlowGuard®流式专用保存液,无需冻存,稳定保护各类流式样本,从容完成实验
发表于 2016-6-18 10:27:54 | 显示全部楼层
liyue1718408 发表于 2016-6-17 15:27
大约是流式检测时操作的人员给我设了gate。
有了%Gate,我还是不会比较两个样品的差异。请问哪里有gate  ...

你要比较两类样本之间的表达率差异,首先,两类样本至少要有足够的样本量,其次,按照你两类样本的表达率分布形态选择相应的统计学方法,一般来说,如果样本量相等,并且一一对比,多采用t检验,否则大多采用ANOVA。

流式的文章一搜一大堆,你可以用你课题的关键词搜一下不就OK了。
组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
 楼主| 发表于 2016-6-22 09:12:45 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2016-6-18 10:27
你要比较两类样本之间的表达率差异,首先,两类样本至少要有足够的样本量,其次,按照你两类样本的表达率 ...

非常感谢老师的回复!
根据您的几轮解答,我想我离自己的答案越来越近了。呵呵流式的文章是有一堆呃,但是人家都是给出的统计结果,如何从原始数据得到统计结果,我看不到。不过您的意思我大概明白了,t检验我还是会的。

只是t检验需要足够的重复样本,“两类样本至少要有足够的样本量”意思不太清楚
请问您所指的样本量是指一个样本里要有足够的细胞数,还是这个样本要有好几个重复?

比如,两瓶细胞,一瓶做A处理,一瓶做B处理,然后消化下来,就是A、B各一个管,上流式,得出A 、B各自的geo Mean、CV等,这是A样与B样可以进行统计学比较么?我想,A、B样里每个样至少有上万个细胞啊,每个细胞不是都有其对应的荧光值么?这种算不算N=10000?这样的A组B组可否进行统计比较?

还是,其实需要A处理至少3瓶细胞,B处理至少3瓶细胞;流式检测后,得到A组的三个geo Mean、CV,A组的三个geo Mean、CV;然后AB组用各3个的geo Mean数据做T检验?





组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
发表于 2016-6-22 10:44:43 | 显示全部楼层
liyue1718408 发表于 2016-6-22 09:12
非常感谢老师的回复!
根据您的几轮解答,我想我离自己的答案越来越近了。呵呵流式的文章是有一堆呃,但 ...

即使一次数据获取1万个细胞,但你最后拿到的是这1万个细胞的平均荧光强度,只有一个数字,因此,你最后进行统计学比较的只是两个数字。所以我这里所说的当然是指样本重复,而不是说细胞量。
组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
您需要登录后才可以回帖 登录 | 加入流式中文网

本版积分规则 需要先绑定手机号

手机版|流式中文网 ( 浙ICP备17054466号-2 )

浙公网安备 33038202004217号

GMT+8, 2024-12-25 09:09

Powered by Discuz! X3.5

© 2001-2024 Discuz! Team.

快速回复 返回顶部 返回列表