求助：流式数据分析

cartoonyang

如图，这是我的流式数据。本想上传原始数据，但上传不了。我用的是flowjo。如果可以的话，我想发原始数据，帮我分析，那是最好的。
第一，是ＣＤ２９。我也是圈了细胞，做成了直方图；
第二，是同型对照，我圈了细胞，然后就做成直方图，但是这个图不好看，Ｙ轴怎么调整都不好看。另外，怎么设门？
按照倪老师的帖子，是沿着峰的右侧肩最靠近坐标轴的曲线，在变平前画一段延伸，与X轴交叉处，并且小于2％的，可定为Marker位置。但是因为Y直方图在Y轴这边很难看，所以怎么调整？我试着把Y轴调整最大600，或者1000，这样直方图看起来很矮。所以来这类求助了。另外，怎么设门？

第三，但是进行overlaid 时，是附件3这样的。不知道怎么CD表达多少？而且图形重叠起来的效果因为贴近Y轴极端不好看。

谢谢！

niwanmao

我的建议是这么画，确实，根据直方图画门还是有较大的主观性，一般我个人比较喜欢用散点图设门，因为可能相对比较准确确定门的位置。

cartoonyang

niwanmao 发表于 2016-8-10 16:02
我的建议是这么画，确实，根据直方图画门还是有较大的主观性，一般我个人比较喜欢用散点图设门，因为可能相 ...

谢谢倪老师！
那么，我还有如下的问题：
1. 你看我圈的对吗？
2. 如何调整同型对照的Y 轴，我试着调整过，峰值整个直方图变得很矮，而且同型对照的右边一直沿着X轴延长，整个图形很丑。
谢谢！

cartoonyang

另外，如何用散点图设门？因为现在发文章，好像都是直方图重叠，散点图少。我把散点图放上来了，这是去医院过流式时，老师给分析的。
如果发外文文章，这样放上去，你觉得OK 吗？

niwanmao

cartoonyang 发表于 2016-8-10 16:53
另外，如何用散点图设门？因为现在发文章，好像都是直方图重叠，散点图少。我把散点图放上来了，这是去医院 ...

因为分布有点斜，我个人认为可以用如下不规则形门，看门内表达率。发表承认的，只要你有对照即可。

cartoonyang

niwanmao 发表于 2016-8-10 19:57
因为分布有点斜，我个人认为可以用如下不规则形门，看门内表达率。发表承认的，只要你有对照即可。

倪老师，你说的这个不规则门，我怎么没理解呢？麻烦请详细解说下，好吗？

niwanmao

cartoonyang 发表于 2016-8-11 17:20
倪老师，你说的这个不规则门，我怎么没理解呢？麻烦请详细解说下，好吗？ ...

根据同型对照的边缘设出那个斜向三角形，然后再将该三角形应用于你的实验管分析。