流式样品设门问题

VortexDou

最近在分析流式样品的时候遇到几个问题想请教大家
1.在圈出CD45阳性细胞之后，看死活染色时看到两群分群明显的细胞，但不同的样品这群细胞所在的位置不同（图左一，二），有时候左一的细胞群能和最左边的阴性群融合到一起。最右边的图是我的单染样品，它的阳性群位置介于两个样品之间。 这种情况下我应该按照单染来设活细胞的门还是直接把位置靠右的细胞直接作为死细胞排除掉？

2.在一开始的FSC,SSC门中，请问大家是直接排除左下角的碎片和紧挨着的第二群细胞（认作是死细胞）吗？我的单染阳性细胞都来自于这群，但我发现这群里不是所有的细胞都具有死活染料阳性。而且这群细胞里含有的CD3+细胞会影响我的最终结果（CD3+% in live CD45+ cells）

这个实验里我用了CD3-efluor450，死活染料Aqua在512nm处最亮。不过我调两个通道之间的补偿时这群细胞不会移动，所以我认为这个情况不是两者之间补偿的问题。

我想成大牛

我个人意见是将位置靠右的都去除掉，至于为什么每次的位置都不一致，可能与样本的差异或你每次的染色操作有关系。
问题二可以将那团细胞去掉，所有样本的分析保持一致。因为如果它是CD3+的T细胞，那么它的FSC变小了，那它还是live CD45+cell吗？所以还是去掉吧，这样在最后的统计分析中，不同样本间的差异是不会受影响的。