问一下造血干细胞测量的相关问题

闷油瓶

看了这个帖子，有点看不懂，有些疑问，麻烦老师帮忙解答一下https://www.flowcyto.cn/bbs/thread-2765-1-1.html?_dsign=27a77b08

1：逻辑门里的AND是什么含义呀？与普通设门时候的GATE自有什么区别？
2：设模板的时候还用调补偿吗？我看教程里没有提及补偿操作，按理说也得设吧，毕竟荧光素FITC和PE有交叉
3：上面正确操作步骤那个图，我看推荐的参考文献里没有这个图呀，那这个图来自哪个文献？
4：图7和图8里的P8门是用来干嘛的？还有我只想求百分比，不用绝对计数微球的话，是不是P6门那步就可以省略了？

niwanmao

AND的意思就是同时符合设定的条件，例如你圈了CD34+ 和CD117+，那么对这两个门进行AND组合后，就等于是选中了同时符合这两个条件的细胞。当条件少的时候，与层级设门无差别。但如果要分析的细胞，需要不断排除其它细胞群或满足很严格的条件时，AND、OR、NOT等逻辑组合，还是有很大的便利性。

补偿是肯定需要的，只是这两个荧光素补偿很常见，很简单，没有特地拿出来讲。

正确设门和错误设门的图，均在帖子的附件那篇文献里面，帖子文字中的链接指向的文献是为了强调当前还有很多人没做好CD34规范设门导致结果不准确。

P8门的作用，图释已经说了，是用于分析稳定化样本（例如保存液处理过的样本）设置的参考门。

闷油瓶

niwanmao 发表于 2021-6-2 09:47
AND的意思就是同时符合设定的条件，例如你圈了CD34+ 和CD117+，那么对这两个门进行AND组合后，就等于是选中 ...

老师，还是关于逻辑门的问题。

1：咱们平时设的普通门，比如画了3个散点图，命名为A、B、C图，A图里有一个门叫P1，B图中的所有细胞Gate自P1，然后在B图里设门P2，C图中的所有细胞Gate自P2，然后在C图里设门P3。这是平时普通设门的方法，很容易理解，P3门里的细胞是同时符合P1、P2、P3三个门的，也就相当于AND关系吧？
2：我看贴子里的AND用的方法是门中有门时经常使用，比如下面链接中的图，图三是P2+G1命名为G2,然后图四是P3+G2命名为G3.那么在图三中G2是代表图三的整个区域吗？是的话，那么图4是由图三中那个小圆形的门+整个图三的区域得到的？没必要吧，直接说图四Gate自P3那个圆形的小门不是一个效果吗？为啥要用复杂的and逻辑？

https://www.flowcyto.cn/bbs/thread-9131-1-1.html?_dsign=fd9bfaa1

niwanmao

闷油瓶 发表于 2021-6-2 11:22
老师，还是关于逻辑门的问题。

1：咱们平时设的普通门，比如画了3个散点图，命名为A、B、C图，A图里有一 ...

1、两种实现方式均可，你说的就是逐级设门。也可以A、B、C均设为Ungated或有核细胞门，然后对P1 and P2 and P3进行逻辑组合，就能实现同样的效果。
2、是否使用逻辑设门，看个人需求，不是强迫性的。你如果觉得逐级设门比较容易理解，就用逐级设门。

闷油瓶

niwanmao 发表于 2021-6-2 12:45
1、两种实现方式均可，你说的就是逐级设门。也可以A、B、C均设为Ungated或有核细胞门，然后对P1 and P2 a ...

懂了懂了，谢谢老师，我还想问，如果直接设一个CD45和CD34的十字门可以吗？那样找双阳的就可以了吧，更简单

niwanmao

闷油瓶 发表于 2021-6-2 17:08
懂了懂了，谢谢老师，我还想问，如果直接设一个CD45和CD34的十字门可以吗？那样找双阳的就可以了吧，更简 ...

十字门，是最初级的设门方法，不够精确。ISHAGE之所以设这样的逻辑门，就是为了精确。

闷油瓶

niwanmao 发表于 2021-6-2 20:41
十字门，是最初级的设门方法，不够精确。ISHAGE之所以设这样的逻辑门，就是为了精确。 ...

好吧，看不懂这复杂的东西，我再看看吧您知道脐带血和外周血中造血干细胞的比例大约是多少吗？感觉我测出来有点低

niwanmao

闷油瓶 发表于 2021-6-2 21:47
好吧，看不懂这复杂的东西，我再看看吧您知道脐带血和外周血中造血干细胞的比例大约是多少吗？感觉我 ...

脐带血一般1.33 +/- 0.21%（参考文献：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7540469/）
外周血一般0.2%~0.5%（参考文献：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1764968/）

闷油瓶

niwanmao 发表于 2021-6-3 12:39
脐带血一般1.33 +/- 0.21%（参考文献：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7540469/）
外周血一般0.2%~0.5% ...

为啥脐带血测出来实际没那么高，倒是跟外周血的指标差不多

niwanmao

闷油瓶 发表于 2021-6-3 17:01
为啥脐带血测出来实际没那么高，倒是跟外周血的指标差不多

这得从你们的样本来源、检测操作等方面找原因