流式和单细胞测序分析细胞分群一致性的问题

zjimmune

做了6个wt,1个Lncko 小鼠的单细胞测序。首先使用流式细胞术对小鼠结肠和肠道肠粘膜固有层的CD45+CD11b+细胞进行富集分选。然后跑10x Genomics流程，得到matrix数据。现在要细胞注释亚群，然后分析：6个wt和1个Lncko相比，Ly6C hi 和 Ly6C lo 单核巨噬细胞的细胞比例区别。 就是说：6个wt和1个Lncko小鼠能否在细胞亚群注释后进行KO和WT间细胞比例的比较？比如，可以做6个wt某细胞比例取均值再与1个Lncko小鼠某细胞比例比较吗？

结果就需要一个细胞注释分群图（加一些marker在不同cluster的图）和一个细胞比例统计比较图（或多一个小提琴图）。

湿实验流式细胞术结果是ko后Ly6 Chi 那群细胞增多了，Ly6C lo 那群细胞减少了，可做参考。

第2个问题是：小鼠肠道肠粘膜固有层的髓系细胞富集后怎样进行细胞亚群注释？我搜集了一些markers和一些参考文献，但不太明白怎么把它们联合到一起分析。

我主要想分出Ly6C hi 和 Ly6C lo 单核/巨噬细胞这2个亚群来：

文献 4 （Kurt A. Zimmerman， 2019） 做的是：

1）Ly6chi （Chil3, Plac8） and Ly6clo （Fabp4，Ear2） infiltrating macrophages ------figure 3 C；

2）infiltrating macrophages （Ccr2，Itgam） resident macrophages （Adgre1，Fcgr1）

------figure 2 D E

3）embryonic-derived resident(C1qc, Cd81) macrophages

文献 3（Alexander Mildner，2017）做的是： (Figure 3C)

1）Ly6C+ monocytes (Lyz2, Ccr2, Ly6c2,Mpeg1, Sell, and Irf8) ；

2）Ly6C- monocytes（Nr4a1, Cebpb, Cd36, Pparg, Itgax, and Itgal）

还有1种分群是CD63+驻留巨噬细胞，其他是炎症巨噬细胞

谢谢

niwanmao

因为你的流式分群依据是Ly6C的不同表达水平，所以是否可以根据流式中的Ly6C hi和Ly6C low的比例（暂为金标准），然后分别对你找到的参考文献这些基因依次聚类，看看哪种依据与流式更有一致性？

zjimmune

我不太明白，怎样根据流式中的Ly6C hi和Ly6C low的比例来确定单细胞中ly6c2基因的表达水平呢？我是根据单细胞中ly6c2基因的表达水平分群的，强峰Ly6C++, 弱峰Ly6C+, 没有Ly6C-.  具体表达量怎么设我也不明白。

zjimmune

哪位同时是流式和单细胞测序的高手明白呢？

niwanmao

zjimmune 发表于 2022-5-13 12:17
我不太明白，怎样根据流式中的Ly6C hi和Ly6C low的比例来确定单细胞中ly6c2基因的表达水平呢？我是根据单细 ...

如果不用到分选，则是通过比例进行粗略的衡量和匹配。
如果要精确关联，最好是分选出Ly6C表达不同强度的细胞，做单细胞测序确定各群细胞靶基因的表达量。