Calibur数据能否用flowjo做离线补偿？

lin850424

我在calibur上做了四色，用flowjo脱机调补偿，结果和calibur分析的数据差别很大啊，细胞量也少，flowjo四色补偿是用荧光补偿矩阵调的吧？

niwanmao

calibur的数据不适合做离线补偿，调下来也不准

lin850424

niwanmao 发表于 2013-12-30 13:16
calibur的数据不适合做离线补偿，调下来也不准

原来如此，谢谢倪老师！

watson77

Flowjo可以做Calibur的补偿。
Calibur的FCS数据文件没有单独保存补偿矩阵，因此只能对没有在线补偿或在线补偿不足的数据做补偿分析。建议在线补偿均调为0，收集各单阳管数据，圈定同种细胞门，Flowjo可以自动分析补偿，生成补偿矩阵，该补偿基本可原样应用与Calibur上，且比手工调整更精确。
调节补偿的关键是阳性和阴性群都不能太少，且自荧光属性相同。
参考：
http://blog.sciencenet.cn/blog-349948-284044.html
http://www.dxy.cn/bbs/thread/21900033#21900033

lin850424

watson77 发表于 2014-2-7 00:26
Flowjo可以做Calibur的补偿。
Calibur的FCS数据文件没有单独保存补偿矩阵，因此只能对没有在线补偿或在线补 ...

非常好，谢谢

niwanmao

watson77 发表于 2014-2-7 00:26
Flowjo可以做Calibur的补偿。
Calibur的FCS数据文件没有单独保存补偿矩阵，因此只能对没有在线补偿或在线补 ...

感谢分享！我个人觉得calibur的数据并不是调不下来，而是这种离线调整和在线调节结果可能会存在差异，分群清楚的（如CD4、CD8等淋巴细胞亚群）可能还差别不大，对于分群不是很好的，估计就够呛。
有请@chymanhz @haven_t 两个数据专家来发表一下意见

haven_t

niwanmao 发表于 2014-2-7 13:53
感谢分享！我个人觉得calibur的数据并不是调不下来，而是这种离线调整和在线调节结果可能会存在差异，分 ...

我只是个兼职的，倪兄才是专家啊！

haven_t

watson77 发表于 2014-2-7 00:26
Flowjo可以做Calibur的补偿。
Calibur的FCS数据文件没有单独保存补偿矩阵，因此只能对没有在线补偿或在线补 ...

我认同倪老师的观点，原因我稍微说明一下，首先Calibur是8位或者是10位的数据，分辨率比较低，所以Digital error会比较大，这种误差会随着补偿的减法运算进入相应的通道，补偿越大，影响越大。当然数字型的也有此现象，但是由于分辨率高，这个误差会小很多。

更重要的是您忽略了一点，补偿应该是在对数转换前进行，如果Calibur用软件做离线补偿，这个补偿运算是在对数运算后进行的，从对数曲线可以发现，对数是压缩高值数据，所以高值数据分辨率是非常低的，这样更进一步增加Digital error。Calibur的数据用flowjo调补偿，当补偿增大时会出现条纹就是证据

chymanhz

haven_t 发表于 2014-2-7 21:07
我认同倪老师的观点，原因我稍微说明一下，首先Calibur是8位或者是10位的数据，分辨率比较低，所以Digita ...

没什么好补充的了，haven_t都说了，基本上不建议用flowJo来做Calibur的离线补偿。

cellprobe

我以前用Calibur收集数据的时候，在线补偿调的不好，就想用Flowjo做离线补偿，结果根本就不行。
因为Calibur做在线补偿的时候，电压和补偿都得调好；Flowjo只能调节补偿，没法改动电压。
所以我认为Flowjo不能做离线补偿。