如何计算染色指数之实例解析（Kaluza和FlowJo）

niwanmao

染色指数统一计算公式：(阳性群门内的geomean-阴性群门内的geomean)/（2*阴性群的SD）

但是实际软件分析时，却很多站友不知道如何计算，下面结合两款最流行的第三方分析软件，进行实例解析。

Kaluza
首先设门选择某抗原（此处我们选择FL-5的CD3）表达阳性和阴性的细胞群，然后根据该门画直方图，并点击工具栏上Information按钮添加信息表格（如下图），再点击该表下方的Add Statistic，随意选择一个统计数据：


鼠标右键点击新添加的统计数据，在弹出的窗口中（如下），修改Name为S/N或中文名称“信噪比”，Value中输入公式，公式见后：


Value中输入的公式如下，可参考图释，根据自己要计算的通道进行修改：




FlowJo同上，在直方图上圈出阳性群和阴性群，然后点击下图中的按钮添加statistic


在Statistic中依次选择Geom.和StdDev，默认添加后的统计值是针对所有细胞的，将该统计值如下图拖放到对应的细胞群，即可获得该群细胞的Geom.和StdDev等数值，然后参照(阳性群门内的geomean-阴性群门内的geomean)/（2*阴性群的SD）计算。




以上方法仅供参考，如果站友们有其它秘技，欢迎不吝分享。

joushua.L

倪老师，

信噪比（Signal to noise, S/N），Signal/Noise，您提到的应该是stain index =D/W 这个概念吧。

爱白衣杀手

请问信噪比S/N和染色指数SI在计算上和应用上到第有什么不同，感觉可以通用似的。

niwanmao

joushua.L 发表于 2015-7-23 13:32
倪老师，

信噪比（Signal to noise, S/N），Signal/Noise，您提到的应该是stain index =D/W 这个概念吧。

感谢指正。已修正。

niwanmao

爱白衣杀手 发表于 2015-7-23 16:55
请问信噪比S/N和染色指数SI在计算上和应用上到第有什么不同，感觉可以通用似的。 ...

可以通用，但是染色指数更好。

特勒兮兮

niwanmao 发表于 2015-7-23 19:55
可以通用，但是染色指数更好。

我们自带的软件只有Mean值，没有geomean，这两个是同一个概念吗老师

niwanmao

特勒兮兮 发表于 2019-6-18 10:53
我们自带的软件只有Mean值，没有geomean，这两个是同一个概念吗老师

Mean，大多是指算术平均数。可以用第三方软件。我们首页上放的几个免费软件都可以。

刘小黑

倪老师，我做了一个抗体滴定，SI分别是99.10  182.08  274.11  280.28  271.77，保留两位小数，其他约掉了，根据这个SI，是不是SI280.28这个浓度最优啊？