modfit中的apoptosis model 分析

燕仔zoe

各位资深老师：
本人在做细胞周期上遇到些小问题，不太清楚该要如何分析，请教各位老师~
首先调完FSC和SSC的电压以后，设定Threshold去除碎片，
control如图，

而后跑的实验组，分析后细胞周期G0/G1期和G2期基本无差异，但是就散点图而言，PI低阳性的比例大大升高，这部分我是应该所有都圈进去当做sub G来分析apoptosis呢，还是这些还是算碎片？最主要是这群点的位置和主细胞群基本相近，算作碎片是不是不太合理，但是如果算成凋亡的话，Sub G的峰非常靠前，都快接近Y轴了。。。附图

haven_t

燕仔zoe 发表于 2014-12-12 13:16
阈值如果用PI的通道的话，相当于把PI弱阳性的给删掉，但是这些在我的FSC/SSC图中其实是比较靠近主细胞群 ...

你想太多了，如果主峰是2倍体，PI dim的那群DNA含量可能连1倍体的量都不到，个人觉得那群细胞可能是处理过程中部分核被切割掉。
从倪老师的分析结果看到，通过FSC/SSC 设门完全把PI dim的群体去掉，因此可以说明如果用pi做阈值可以达到同样的效果。相反你这样获取细胞的话反而使可分析的细胞数减少。

niwanmao

燕仔zoe 发表于 2014-12-15 08:25
(⊙o⊙)哦，实在是太感谢倪老师了！！！
艾森的novoexpress软件我没有，FlowJo倒是我以后可以试试~
不知道 ...

这种情况应该还是少见的。多数情况下还是应该以modfit为准的。

燕仔zoe

(⊙o⊙)哦，实在是太感谢倪老师了！！！
艾森的novoexpress软件我没有，FlowJo倒是我以后可以试试~
不知道为什么modfit的FSC/SSC图会和其他两个分析软件相差有点大呢？

燕仔zoe

haven_t 发表于 2014-12-12 07:48
试一下阈值用PI的通道。

阈值如果用PI的通道的话，相当于把PI弱阳性的给删掉，但是这些在我的FSC/SSC图中其实是比较靠近主细胞群的那一类，如果按照这种阈值设置方式，会不会把一些本来是数据的点给去掉了啊？

燕仔zoe

niwanmao 发表于 2014-12-11 18:59
原始数据能不能传上来看看？

好的，谢谢倪老师
对照组是control
实验组随便挑了一个，编号004

haven_t

试一下阈值用PI的通道。

niwanmao

燕仔zoe 发表于 2014-12-11 17:08
不是，我的意思是FSC15000的。

原始数据能不能传上来看看？

燕仔zoe

niwanmao 发表于 2014-12-11 16:32
设成的。
有时候碎片显示在细胞附近也是有可能的，跟信号异常、机器状态等有关。 ...

不是，我的意思是FSC<15000的delete掉。剩余记录的数据的都是>15000的。

niwanmao

燕仔zoe 发表于 2014-12-11 16:05
设的是FSC，没记错的话，应该改后是

设成<15000肯定有碎片的嘛。我都是设置成>的。
有时候碎片显示在细胞附近也是有可能的，跟信号异常、机器状态等有关。

燕仔zoe

haven_t 发表于 2014-12-11 15:26
Threshold是FSC还是PI？

设的是FSC，没记错的话，应该改后是<15000，好像默认是5000。