求助：R语言分析fcs文件

leaffy517

各位大神好。我在一个帖子上看见有人用R语言打开了FCS的文件，并且通过这种方式修改损坏的FCS文件，能够改写其中的数值。


我的实验内容是用inform软件分析了mIHC的结果，这种结果内容与流式内容相似，有每个细胞的数据，位置，荧光一类的，想把这种细胞数据套用到流式数据里面，利用flowjo进行分析。哪位大神会这个操作方式呀？

或者我打开一个流式fcs文件，把它的数据手动替换成mIHC结果的数据，可行吗？

我在网络上查方法，用flowcore能够在R语言中打开fcs文件，但是不会以表格的形式显示数据。

niwanmao

你说的用R语言修复已损坏的FCS文件，就是之前我在论坛上帮Smile14站友解决的那件事：
收样结束后电脑死机，重启导致文件读不到数据
https://www.flowcyto.cn/bbs/thread-7600-1-1.html
(出处: 流式中文网)


R语言调用FlowCore是可以将FCS数据以表格形式展示出来的，但是将表格式的数据，再写回FCS文件，相当于就是把表格数据转换为FCS。

请将原来的mIHC中的数据，复制粘贴到Excel中，另存为csv文件。


接着在R语言中，运行下面这段代码：
    library('flowCore')
    library('Biobase')
    library('data.table')
      tempdata <- fread("这里填写你的CSV文件路径，windows路径\要用/替代", check.names = FALSE)
      data_subset <- rbindlist(as.list(tempdata))
      metadata <- data.frame(name=dimnames(data_subset)[[2]],desc=paste('column',dimnames(data_subset)[[2]],'from dataset'))
      
      ## 设置FCS文件的metadata
      metadata$minRange <- apply(data_subset,2,min)
      metadata$maxRange <- apply(data_subset,2,max)
      
      data_subset.ff <- new("flowFrame",exprs=as.matrix(data_subset), parameters=AnnotatedDataFrame(metadata))
      write.FCS(data_subset.ff, paste0(a, ".fcs"))

leaffy517

niwanmao 发表于 2022-9-10 10:36
你说的用R语言修复已损坏的FCS文件，就是之前我在论坛上帮Smile14站友解决的那件事：
收样结束后电脑死机， ...

真的非常感谢您，太厉害了，我尝试一下看看能不能转换一下结果。再次感谢您