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[淋巴细胞相关] 小鼠肿瘤浸润淋巴细胞数据分析

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发表于 2022-10-16 16:33:31 | 显示全部楼层 |阅读模式
悬赏2流星未解决
想请教一下各位老师,我做小鼠肿瘤内部T细胞CD4,CD8分型,酶消化后Percoll提取染色,做了所有的单染管然后使用Flowjo计算补偿,应用到全染管后CD4和CD8双参数图圈十字门时许多events显示在负轴区域,请问是不是补偿调节过了呢(全血做的单染管,算补偿的时候提示CD4和CD8的阳性events不够,少的只有五十多个阳性events),还有什么补救方法吗,是不是需要在相同仪器参数下重新作单染管多收一些细胞数重新算补偿呢,谢谢! 未标题-1.jpg

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发表于 2022-10-16 20:00:32 | 显示全部楼层
补偿可以自己再微调的。单染管最后应用,有时候是会出现问题的。
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 楼主| 发表于 2022-10-16 21:11:16 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2022-10-16 20:00
补偿可以自己再微调的。单染管最后应用,有时候是会出现问题的。

谢谢老师,也就是说最后双参数图出现这种许多在负轴的是异常情况,没法按照正常十字门划分的是吗,同时做的血液样本分群就很清晰,组织里面就分不开了,感谢老师解答!
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发表于 2023-2-21 18:27:49 | 显示全部楼层
请问楼主上级时收集了多少细胞呢?我收集了两万个细胞发现圈到CD3的时候就剩几千细胞了,到CD8可能就几百甚至几十个细胞了。
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发表于 2023-2-21 19:48:58 来自手机 | 显示全部楼层
Sylvia53 发表于 2023-2-21 18:27
请问楼主上级时收集了多少细胞呢?我收集了两万个细胞发现圈到CD3的时候就剩几千细胞了,到CD8可能就几百甚 ...

按总数获取,很难确定最后目标细胞有多少,所以应该圈中目标细胞,然后设置目标细胞门内事件数达到多少个才停止。如果要分析的指标低表达的,最好目标门内事件数能达到5万或更多。
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发表于 2023-2-22 20:33:28 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2023-2-21 19:48
按总数获取,很难确定最后目标细胞有多少,所以应该圈中目标细胞,然后设置目标细胞门内事件数达到多少个 ...

好的,谢谢老师。
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 楼主| 发表于 2023-2-24 12:59:26 | 显示全部楼层
Sylvia53 发表于 2023-2-21 18:27
请问楼主上级时收集了多少细胞呢?我收集了两万个细胞发现圈到CD3的时候就剩几千细胞了,到CD8可能就几百甚 ...

我们一开始都是统一收2万个events,后来发现越往下分析目标细胞越少,如果细胞充足的话,多收一些细胞吧,有看到说得保证最末级目的细胞有三四百events的,我有次总events收了十多万
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发表于 2023-2-24 15:32:44 | 显示全部楼层
皮卡壮 发表于 2023-2-24 12:59
我们一开始都是统一收2万个events,后来发现越往下分析目标细胞越少,如果细胞充足的话,多收一些细胞吧, ...

👌谢谢老师
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发表于 2023-2-27 10:02:18 | 显示全部楼层
我想请教一下肿瘤细胞percoll纯化的方案
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发表于 2023-2-27 10:19:18 | 显示全部楼层
Climber 发表于 2023-2-27 10:02
我想请教一下肿瘤细胞percoll纯化的方案


以下内容转自知乎(肿瘤浸润免疫细胞提取


01 肿瘤分离
1. 采用颈椎脱臼法将荷瘤小鼠处死,放置于含有75%酒精的烧杯中,浸泡30s。
2. 左手持镊子,右手持弯剪,沿肿瘤边缘剪下长约1cm的口子,可清晰看见肿瘤附着于皮下,沿着肿瘤边缘轻轻剪开连接处,剥离肿瘤。
3. 将剥离的肿瘤放入100mm的培养皿中,并在室温下加入5-10 ml的HBSS。
注:肿瘤体积一般不超过1000mm3,肿瘤质量在0.6-0.8g之间。


02 制备肿瘤细胞悬液
4. 待所有肿瘤剥离完毕后,将肿瘤转移至1.5ml EP管中,手持弯剪将肿瘤剪碎。
5. 将肿瘤组织悬液转移到50ml离心管中,用适量HBSS冲洗EP管,并将悬浮液转移到离心管中。管中的总体积为45ml。
6. 在管中加入5ml 10×Triple Enzyme Mix,在摇床上以80rpm、37℃的条件消化1-3小时。
7. 消化完毕后,50g,10min离心,收集上清,则为肿瘤细胞悬液。
注:剪刀剪碎肿瘤的标准为,其可被1ml的枪头自由吸取,无阻碍。

10×Triple Enzyme stock solution (100 ml)
在80 ml HBSS中混合1 g Collagenase IV, 100 mg Hyaluronidase和20,000 Units DNase IV,添加HBSS至100ml。使用0.22μm的滤器进行过滤,分装成5ml储存在-20℃,使用前恢复至室温。


03 Percoll分离免疫浸润淋巴细胞
8. 200×g,5min离心上清,加入10ml HBSS重悬,将其转移至15ml离心管中,200g,5min再次离心,用40% percoll重悬细胞。
9. 在新的15ml离心管中提前加入4ml 80%percoll,再用巴氏滴管小心的沿壁将4ml含肿瘤细胞的40% percoll沿壁加在80%percoll的上面。
10. 350g,30min离心(升速=1,降速=0),40% percoll与80% percoll交界处则为免疫细胞。


04 细胞染色
11. 收集细胞,加入10ml PBS 350g,5min离心。
12. 100μl PBS重悬,转移到1.5ml EP管中,进行封闭。
13. 使用相应的抗体,与细胞一起共孵育。


05 上机分析
细胞分析的marker表达:
巨噬细胞:CD45,CD11b,F4/80,CD206 (M2),CD86 (M1)
MDSC:CD45,CD11b,Ly-6G,Ly-6C
T细胞:CD45,CD3,CD8,CD4

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