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小鼠福尔马林固定石蜡包埋肝脏中主要细胞群的成像质谱流式方案

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发表于 2023-2-24 14:47:38 | 显示全部楼层 |阅读模式

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成像质谱(IMC)是一种新技术,能够基于蛋白质表达和组织微环境的群落分析对单细胞进行多维表型分型,将独特的质谱与组织学融合,可在1μm2分辨率下同时检测40个以上的靶标。与荧光成像技术相比,IMC使用与抗体结合的金属同位素,不同通道之间的光谱重叠最小,无自发荧光。与荧光成像技术相比的另一个优点是可以将染色的载玻片储存几个月,而不会随着时间的推移而漂白或信号减少。到目前为止,尚未出现针对小鼠 FFPE 组织的 IMC 抗体方案。瑞士的Fabienne Birrer等人设计了这个20个靶标的方案,可在小鼠模型中检测肝脏主要细胞群体的空间分布和数量,有助于研究从非酒精性脂肪性肝病 (NAFLD) 到更严重形式的非酒精性脂肪性肝炎 (NASH) 的进展机制。该方案适用于小鼠的肝、肺、肠、脾的FFPE组织。

方案
Xnip2023-02-24_08-06-18.png


结果示例
小鼠肝脏的分析示例,(A) 用 E-钙黏蛋白标记门静脉周围肝细胞和胆管细胞(红色),用 CD206标记肝窦内皮细胞和巨噬细胞(绿色),DNA为蓝色。(B)DeepCell 核分割掩模(白色)覆盖在A图的组织图像上。(C) 每个靶标12050个细胞的 tSNE 降维图。(D) 用Rphenograph进行聚类,然后手动合并到指定的细胞亚群中。每个群体的抗原表达强度表示为从红色到蓝色的光谱,代表强度从高到低。D图显示了肝细胞(E-钙黏蛋白、HNF4α、精氨酸酶-1)、肝窦内皮细胞 (LSEC;CD206)、枯否细胞 (F4/80,CD206)、中性粒细胞 (Ly6G,CD11b)、骨髓源性髓系细胞 (BMDMs;CD11b)、胆管细胞(E-钙黏蛋白高)、内皮细胞 (CD31,α-SMA)、b细胞 (CD19)、辅助性 T 细胞 (CD3e,CD4)、细胞毒性 T 细胞(CD3e,CD8a)以及细胞活化 (CD44、CD74) 和增殖 (Ki-67) 的结果。右侧小图显示的是1mm2每个亚群中的细胞数量。(E) 所有细胞合并后的 tSNE 图。
Xnip2023-02-24_08-06-47.png



信源:Birrer F, Brodie T, Stroka D. OMIP-088: Twenty-target imaging mass cytometry panel for major cell populations in mouse formalin fixed paraffin embedded liver. Cytometry. 2023. https://doi.org/10.1002/cyto.a.24714

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