PI标记Modifit拟合细胞周期检测峰图问题

xjc423 · 发表于 2023-4-23 08:58:14

本帖最后由 xjc423 于 2023-4-23 09:06 编辑

各位老师好，近期用PI标记平滑肌细胞，想检测细胞周期，流式检测采用的是贝克曼的流式仪，目前遇到了问题：预实验时检测未处理平滑肌细胞时，峰图相对干净，可以拟合（图1-2）；可一旦检测实验组细胞（稳定转染了空载和过表达目的基因）时，峰图就开始不干净（目前只展示了一组结果，其他空载组或过表达组情况类似），利用Modifit直接拟合，结果很差，因为软件不太熟悉，尝试其他选项时，发现线性拟合，会给出两套细胞状态（图3），根据两套细胞状态分别拟合的话，然后可以分别得到两组结果，请问是什么原因造成的？是检测层面的问题，还是实验组细胞本身的问题？应该如何解决？谢谢！

图1

wxd · 发表于 2023-4-23 11:39:04

看图片里第四步是不是搞错了

niwanmao · 发表于 2023-4-23 19:52:47

如果实验组确实存在异倍体，得选2个cell cycle，不能再用sync wizard

xjc423 · 发表于 2023-4-24 08:00:23

wxd 发表于 2023-4-23 11:39
看图片里第四步是不是搞错了

谢谢您的解答，是这样的，我开始用未处理细胞做的时候，峰图曲线比较顺滑，2N和4N峰很清晰，可相同的处理方法下，一到正式实验组，峰图就开始不清晰（图5），在2N峰右侧会出现一个明显的次峰，中间好一段时间以为是自己方法有问题，后来又重新做了一次未处理细胞，才肯定了手法上的一致性，进而思考数据处理的问题。处理过程中发现了您提到的这个界面参数，number of cycle选1的话，结果如图6.但是整体拟合后，直观视觉总觉得不对头，所以尝试了改成2，于是怀疑样本中可能存在两套染色强度特征的细胞，只是面对目前的状况，不知道是应该在细胞样本层面下功夫（进一步抗生素筛选）还是专注于其中一套细胞在数据处理方面下功夫（以现有结果做好数据分析）

xjc423 · 发表于 2023-4-24 08:05:43

niwanmao 发表于 2023-4-23 19:52
如果实验组确实存在异倍体，得选2个cell cycle，不能再用sync wizard

谢谢老师的解答，想再请教一下，目前的异倍体状态下分析细胞周期，结果是否还具有准确性？这种情况是否有一些经验性的解决策略？下一步工作应该是针对细胞样本下功夫（例如对过表达或者空载细胞进行进一步抗生素筛选），还是以目前的结果状态，认真把数据分析层面做好，即使峰图看起来有些奇怪，但结果也可以被认可？谢谢！

niwanmao · 发表于 2023-4-24 12:17:29

xjc423 发表于 2023-4-24 08:05
谢谢老师的解答，想再请教一下，目前的异倍体状态下分析细胞周期，结果是否还具有准确性？这种情况是否有 ...

异倍体细胞周期分析肯定准确的，就是sync wizard不能用，可设置2个或更多的cycle（根据你们异倍体的数量而定），然后分别放置好对应的周期位置。

xjc423 · 发表于 2023-4-24 14:31:23

niwanmao 发表于 2023-4-24 12:17
异倍体细胞周期分析肯定准确的，就是sync wizard不能用，可设置2个或更多的cycle（根据你们异倍体的数量 ...

好的，谢谢老师~

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