百分比和平均荧光强度的问题

wmj123456

细胞加了FAM探针，用FITC通道检测，但是根据空白管设门的话，对照组和实验组（都加了探针，只是细胞有无做处理的区别）百分比都比较低（2%左右），没有什么差异，median也没有什么差异。用共聚焦，镜下还是有阳性信号的细胞的。针对这个实验，想请教老师们一些问题：
1百分比和平均荧光强度不是一样的趋势吧？在计算平均荧光强度的时候，需要保证门内粒子数的一致吗？是否是粒子数多，导致每个细胞上的荧光少，然后可能会导致平均荧光强度低？
2关于结果的问题，百分比低，这种可能会是什么原因？之前做过另外一种探针，是APC通道检测，结果趋势比较明显
3共聚焦和流式灵敏性的问题，为何结果不一致？附件有共聚焦的图

niwanmao

共聚焦镜下，对照组和实验组，分别是如何的？


百分比和MFI，趋势是有可能存在不一样的趋势，细胞数不要求一样多，获取的细胞呈统计学正态分布，不会存在你担心的这种情况，除非获取的细胞数过少，一般1000以上都没问题。

百分比低，可能跟激光器激发效率有关，不知道你用的这台仪器，488nm激光器的功率是多少？是否低于共聚焦的功率。

wmj123456

niwanmao 发表于 2023-6-18 17:25
共聚焦镜下，对照组和实验组，分别是如何的？

倪老师，跟您反馈下这个实验进度，后续又重复了实验，实验组百分比也增加了，Mean也有增加。同时想问另外一个问题，如果是表达同种抗原的细胞，在流式染色的时候，每个阳性细胞跟这个抗体结合，每个细胞上的抗原表位的多少是有差异的吧，所以也导致了跟抗体结合后，每个细胞上的荧光亮度不一样？

niwanmao

wmj123456 发表于 2023-7-2 23:50
倪老师，跟您反馈下这个实验进度，后续又重复了实验，实验组百分比也增加了，Mean也有增加。同时想问另外 ...

对的。