Flowjo tSNE分析

DC_Cooper

各位大佬有用过Flowjo tSNE分析的吗？我看发的文献里面，不同组tSNE分析后，得到的图大致上是一种图形。但是我自己实际操作中，即使同一组的样本，tSNE降维后得到的图，也大相径庭。

niwanmao

DC_Cooper 发表于 2023-12-11 08:40
老师有相关的文献或者教程吗？比如如何合并不同的组在一起降维之类的

官方有教程：https://docs.flowjo.com/flowjo/a ... ity-reduction/tsne/

One approach for comparing multiple samples is to concatenate all samples together and run tSNE on this single large file.  You can either create a new keyword-based parameter denoting disease state, treatment group, or study arm, and add it to the concatenated file during the concatenation process, or use the SampleID keyword that FlowJo will automatically add to separate the files after running tSNE.

DC_Cooper

各位大佬有用过flowjo tSNE分析的吗？为啥我看到文献中，不同组样本 tSNE降维后，得到的图的大概形状是相似的，但是我自己处理数据，即使同一组样本，得到的tSNE降维图依然差别很大？
https://jneuroinflammation.biome ... /s12974-021-02214-y
参考文献

DC_Cooper

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niwanmao

DC_Cooper 发表于 2023-12-9 10:19
各位大佬有用过flowjo tSNE分析的吗？为啥我看到文献中，不同组样本 tSNE降维后，得到的图的大概形状是相似 ...

首先，tSNE降维，不是tSEN，我已帮你编辑纠正。
其次，tSNE需要固定随机种子，并且不同组需要合并到一起降维，最后通过合并的顺序分出不同组的降维结果，否则分开来，是肯定会出现不同的图形的，因为这是一个随机的过程

DC_Cooper

niwanmao 发表于 2023-12-11 08:33
首先，tSNE降维，不是tSNE，我已帮你编辑纠正。
其次，tSNE需要固定随机种子，并且不同组需要合并到一起 ...

老师有相关的文献或者教程吗？比如如何合并不同的组在一起降维之类的

DC_Cooper

niwanmao 发表于 2023-12-11 08:33
首先，tSNE降维，不是tSNE，我已帮你编辑纠正。
其次，tSNE需要固定随机种子，并且不同组需要合并到一起 ...

感谢老师！

maomao

首先你需要一个正版的FlowJo软件，然后在安装一个tSNE的插件，这些官网都可以搞定的。

DC_Cooper

maomao 发表于 2023-12-11 08:59
首先你需要一个正版的FlowJo软件，然后在安装一个tSNE的插件，这些官网都可以搞定的。 ...

“首先你需要一个正版的FlowJo软件，然后在安装一个tSNE的插件”这些都有，就是我不同组做出来的降维，形状各异，和文献中差别挺大

DC_Cooper

niwanmao 发表于 2023-12-11 08:43
官方有教程：https://docs.flowjo.com/flowjo/advanced-features/dimensionality-reduction/tsne/

One a ...

感谢感谢！我去试一试