大家对prime flow RNA检测技术怎么看？

vtea

Prime Flow RNA技术相关文章在2015年出现， 主要利用了Branch-DNA放大技术，利用探针和抗体，从而可以在流式细胞仪上，进行细胞表面和胞内蛋白以及RNA表达检测。目前可在单细胞水平上同时检测多达四种不同的 mRNA 转录本，也可以自己设计相关探针，进行相关科研。

这个技术的优点是显而易见的：

1 定量检测基因治疗产品中的转导效率。

2 定制探针可以检测靶标特异性RNA：比如造血干细胞移植 （HSCT） 后供体-受体嵌合体的分析，媲美标准STR-PCR方法，从而降低成本（https://doi.org/10.1038/s41409-023-02143-9）。

3 单细胞水平上对基因表达进行异质性分析和感染溯源：比如最近中国团队就通过PrimeFlow RNA检测和scRNA-seq，发现CAEBV患者EBV感染起源于干细胞，并会驱动这些细胞产生更多分化的后代，而感染的细胞主要富集在CD56 + NK/NK T细胞中，骨髓感染细胞数显著高于外周血（https://doi.org/10.1182/blood.2023021074）。

该技术缺点也有明显的缺点：如费用高，操作时间长。

个人想法：

1 对于肿瘤病人来说，不同免疫细胞病毒感染评估可能对肿瘤诊断治疗有意义，尤其是EBV感染情况。

2 现在细胞治疗热门，传统的CART治疗中，拷贝数监测有时候与临床治疗效果不一致，CAR抗体产品良莠不齐。利用此技术可以同时看不同免疫表型CAR基因蛋白表达并结合功能性指标。

3 应用此技术结合相应标记可能可以提高MRD监测灵敏度，尤其是传统流式比较难追踪主要依赖病理诊断的肿瘤，如霍奇金淋巴瘤等。

不知道各位站友对这个技术怎么看？

Fusca

现在赛默飞倒是直接提供探针设计服务，想定制什么探针都给设计，但是操作时间长这个问题始终没有解决，另外同一样本上能同时使用的探针数还是只有4个。尝试过和流式联用但是长达两天的处理导致流式抗体的荧光都掉完了，所以不能和传统流式联合使用，也不合适做分选。感觉目前它最大的用途就是单细胞转录组测到的亚群没有合适流式marker或转录组挑的标志物只在核酸水平上调，然后又需要做流式的情况。临床感觉基本不实际，价格太高时间太长。

niwanmao

很多年前试用过，但是我自己没操作，是他们自己的技术支持做的，整整做了两天

主要原因还是因为探针种类少，且操作时间太长，不适合临床开展。但是做科研可以试试，不过科研上成本一算，不如分选后再做转录组。所以就处于很尴尬的境界。