Flowjo多组多样本分析时DownSample/T-SNE/UMAP的具体操作

土土虎

大家好！现有若干组别（组内N=4），Flowjo分析数据过程如下：先根据cells→single cells→live cells圈门，然后将所有样本的live cells DownSample至相同数量（如10000 cells），现想要将所有样本DownSample后concatenate，再进行T-SNE或UMAP分析。

但是现在不知道怎么操作才能将DownSample之后的亚群进行concatenate，每次concatenate得到的都是未圈门未DownSample的初始数据，求解，谢谢！

niwanmao

有没有将downsample后的数据，导出为新的FCS呢？
导出之后，再导入Flowjo，再进行Concatenate

sunny2829

concatenate界面什么样的呀？
concatenate之后，总events数是40000 cells吗？（4个样本，每个样本10000）

myy559

sunny2829 发表于 2024-1-19 10:27
concatenate界面什么样的呀？
concatenate之后，总events数是40000 cells吗？（4个样本，每个样本10000） ...

1.选中想要concatenate的样本群，ctrl+E，会弹出export or concatenate的窗口。
2.在弹出的窗口的上方，切换到concatenate选项卡（默认是export）。
3.在【Include events】词条下，可以选择【include all】or【include No more than】，即，可以进行down sample。
*在【advanced option】词条下，还可以对要concatenate的文件进行自定义命名。

4.点击concatenate，则会生成整合后的文件。然后将生成的文件拉到flowjo中就可以了。

（我发不了截图的图片，老是显示无法上传分辨路过高的图片==！）