请问一下怎么确定细胞的获取量？

Veblen

请问老师，对于一个流式实验，有常规的实验比如细胞周期 细胞凋亡，主群大致收取1-2w就行，

有些稀有细胞实验，细胞主群获取多少的细胞数也是听师兄师姐说。
在这里，想问一下老师，怎么确定流式实验中应该获取多少的细胞数量呢？这个问题一直很困扰我，有不有什么原则或者是公式可以说清楚呢？
谢谢~

wxd

目标细胞群占父群比例高于5%时，收集父群10000-20000个细胞，目标细胞群的批内和批间精密度需满足CV<25%的接受标准；目标群占父群比例<5%时，根据情况收集目标细胞群500-2000个，目标细胞群的批内和批间精密度满足CV<35%的接受标准。CV=(SD/Mean）*100%
有多个目标细胞群时，以占比最少的目标细胞群来确定收集细胞数目。

Veblen

wxd 发表于 2024-5-24 13:19
目标细胞群占父群比例高于5%时，收集父群10000-20000个细胞，目标细胞群的批内和批间精密度需满足CV ...

请问有不有公式可以套用？
另外，如果目标细胞群已经收集到了500-2000，但是CV还是不满足要求，这怎么办呢？
还有CV与仪器的性能有不有关系呢？
麻烦老师，回答一下这三个问题哈

wxd

这个是没有公式可以套用的；
如果CV不满足要求，可能是抗体、人员操作和仪器稳定性等各方面共同作用的结果，需要结合使用同一抗体的其他实验、换实验员操作、仪器质控、同一台仪器开展的其他实验等进行逐一排查。
CV与仪器的性能是有关系的，但仪器性能不是影响CV的唯一因素，甚至不是关键因素，人员操作和抗体等关键试剂才是。

Veblen

wxd 发表于 2024-5-27 08:51
这个是没有公式可以套用的；
如果CV不满足要求，可能是抗体、人员操作和仪器稳定性等各方面共同作用的结果 ...

我理解您说的，但是我总得有个标准去衡量我所需要获取的细胞量。
另，如果目标细胞群已经收集到了500-2000，但是CV还是不满足要求，我理论上增加收集的细胞数就有可能满足要求了呢？

wxd

获取的细胞量真的没有标准的。需要实验员自行决定。如果细胞数目少，收集3000个，5000个也是可以的。如果细胞数目多，收集10000个、15000个、20000个甚至30000个也可以。常规基础实验。如凋亡、活性氧、膜电位等，一般收集单细胞5000个、10000个或者15000个；细胞周期一般收集15000-30000个；表型分析的话，就按照我之前说的标准收集。
理论上，增加收集的细胞数确实可以减少偶然误差。但是流式细胞仪、抗体试剂、检测方法这些结合在一起是有检测限的。一般来说目标细胞群已经收集到了2000个，CV还不满足要求，只能说明这个样品超出了目前所使用的流式细胞仪、抗体试剂、检测方法的检测限。

luojing

流式上机时，我们需要记录多少events呢？相信很多flowers会脱口而出：10000个events。一些分析仪器默认设置收集的events数就是10000个。或者培训的时候，老师会告诉你一般收取10000个events就可以了。很多定性实验Q，10000个events确实就可以了。
这里面，其实有很多细节我们需要注
意一下。
首先，数据收取的多一些总不是坏事情，数据越多，分析结果越准确可靠。只是收集的events到了一定数目后，意义就不大了。这就涉及到我们数据分析中用到的一些概念如均值
（mean)、标准差Q（ standard deviation）和变异系数。
(coefficient of variation)。
流式上机中检测到的信号（散射光信号和荧光信号）的分布也遵循高斯分布（Poisson distribution），我们把均值mean看作收集到的靶细胞数mean=n，那标准差SD=√n代表数据的离散程度，变异系数就是标准差和平均值的比值CV=mean/SD=1/√n。
我们在进行实验时，为了保证结果的可靠性，一般会重复几次实验。如果要比较不同组数据之间的波动性，我们一般用变异系数CV来参考。
比如我们可接受的CV为5%，那么我们需要收集的细胞数为：n=1/(CV)2=1/(0.05)2=400。
如果CV为1%，那么我们需要收集的细胞数为:
n=1/(CV)2=1/(0.01)2=10000。
上面收集的细胞数为靶细胞数，如果靶细胞的比例占总细胞的比例只有10%，那我们需要的收集的总细胞数需要4000 (5%CV)或100000（1% CV）。一般来讲，如果CV值控制在5%以内，需要收集的靶细胞数至少是400。
在流式上机时，我们还需要注意门的
设置。在样品上样窗口中，有个stopping gate，如果不指定具体gate，那么默认的是all events。也就是所有细胞数记录10000，有效数据会大大减少。所以，stopping gate-般指定为目标细胞群。特别是免疫细胞亚群精细分型，对于比例较低的目标细胞群，要收集一定数量，结果才可靠。