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[流式相关软件] Flowjo的flowsom运行错误

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发表于 2024-7-22 23:40:42 | 显示全部楼层 |阅读模式
悬赏1流星未解决
本帖最后由 一颗小土豆 于 2024-7-22 23:53 编辑

R4.1.2,Flowjo10.8.1,使用Flowsom4.0和4.1直接显示failed create output,改用3.0之后可以分出来群,但是没有生成图片,检查文件显示下面这样


Error in scale$guide == "none" : 只能比较(1)基元或串列种类
Calls: plotFlowSOMResults ... ggplot_add.new_aes -> bump_aes_scales -> lapply -> FUN -> isTRUE
此外: Warning message:
The `guide` argument in `scale_*()` cannot be `FALSE`. This was deprecated in
ggplot2 3.3.4.
i Please use "none" instead.
i The deprecated feature was likely used in the FlowSOM package.
  Please report the issue to the authors.
停止执行










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发表于 2024-7-23 07:37:54 | 显示全部楼层
可能的问题:
ggplot2和flowsom版本之间的兼容性?
“scale_*()”中关于“guide”参数的警告表示FlowSOM正在使用旧版本ggplot2中已弃用的功能。


可能的解决方案:
a.降级ggplot2:
由于FlowSOM 3.0部分工作(分组但没有图像),可以尝试将ggplot2降级到与FlowSOM 3.0兼容的版本。
remove.packages("ggplot2")
install.packages("ggplot2",version="xxx")
xxx是flowsom对应的适配ggplot2版本


b.更新FlowSOM:
或者,可以尝试更新到最新版本的FlowSOM,确认是否已经修复了此问题:


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