Flowjo的flowsom运行错误

一颗小土豆

R4.1.2，Flowjo10.8.1，使用Flowsom4.0和4.1直接显示failed create output，改用3.0之后可以分出来群，但是没有生成图片，检查文件显示下面这样


Error in scale$guide == "none" : 只能比较(1)基元或串列种类
Calls: plotFlowSOMResults ... ggplot_add.new_aes -> bump_aes_scales -> lapply -> FUN -> isTRUE
此外: Warning message:
The `guide` argument in `scale_*()` cannot be `FALSE`. This was deprecated in
ggplot2 3.3.4.
i Please use "none" instead.
i The deprecated feature was likely used in the FlowSOM package.
  Please report the issue to the authors.
停止执行

niwanmao

可能的问题：
ggplot2和flowsom版本之间的兼容性？
“scale_*（）”中关于“guide”参数的警告表示FlowSOM正在使用旧版本ggplot2中已弃用的功能。


可能的解决方案：
a.降级ggplot2：
由于FlowSOM 3.0部分工作（分组但没有图像），可以尝试将ggplot2降级到与FlowSOM 3.0兼容的版本。
remove.packages("ggplot2")
install.packages("ggplot2"，version="xxx"）
xxx是flowsom对应的适配ggplot2版本


b.更新FlowSOM：
或者，可以尝试更新到最新版本的FlowSOM，确认是否已经修复了此问题：