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为了深入研究病毒病原体感染过程中组织内的变化，实现病原体与宿主免疫细胞相互作用的原位可视化十分关键。尽管已有基于抗体的方法用于检测特定病毒病原体，RNA原位杂交技术（RNA-ISH），尤其是RNAscope，因其更高的特异性和灵敏度，在区分单个病毒颗粒方面展现出独特优势。然而，目前将RNA-ISH与主要检测蛋白标记物的高维成像技术，如多重免疫荧光细胞术（IMC）结合使用的研究相对较少。
由于同时检测病毒RNA和免疫细胞群体很有必要，Hu K等人介绍了一种优化的IMC方案，该方案可识别人类福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肠组织中的B细胞、T细胞、单核吞噬细胞和HIV RNA。
方案如下表，为了检测HIV RNA，作者设计了一种针对HIV转录组的定制RNAscope探针，并通过免疫荧光验证了该探针的特异性。RNAscope被纳入IMC染色工作流程，实现了HIV RNA与其他蛋白标记物的原位共检测。
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