细胞周期文章发表问题，求助

Veblen

老师，请教一下，发文章审稿人说细胞周期数据有一些问题，我不知如何解释，请老师帮忙看看，如下图。
1. G1 S G2期各个峰之间为什么会有重叠，认为细胞一次只能处于一个阶段，重叠部分表示细胞既处于G1期又处于S期，很矛盾。
我总觉得审稿人说的不太在理，但是不知道如何解释，麻烦老师给点意见。
2. 对照组DMSO与实验组各时期峰Pi信号的位置不一样，审稿人说这样分析破坏了数据的有效性（比如对照组G2期的位置与实验组G2的位置不一致），大致就是分析有问题。
请问老师，这个问题如何给审稿人解释或者是否需要修正数据？

感谢老师~

niwanmao

整体看，DMSO组的G2期好像拟合位置确实不太好，导致G2期的比例偏低

但是这个审稿人的问题一看就是完全外行，但你又不能说他

所以比较合适的说法就是：
1、重叠部分并非细胞既处于A期又处于B期，而是拟合曲线在数值上的拆分，跟光谱拆分相似，目的就是为了获得真实的数值。我们也可以直接通过设置直方图的门实现不重叠的拆分，但是那样存在很强的主观性，曲线拟合就是为了更客观的拆分出相邻位置的比例。
2、DMSO组和实验组的峰值位置不一致，是染色的强度差异导致的（你可以将各组的G1期峰的MFI做一下对比，看差异是否大，如果差异可控，那么就是正常变异；如果差异很大，就说明染色时未调整好细胞浓度导致）

Veblen

niwanmao 发表于 2024-12-16 09:19
整体看，DMSO组的G2期好像拟合位置确实不太好，导致G2期的比例偏低

但是这个审稿人的问题一看就是完全外行 ...

太感谢老师了，第二个问题Reviewer说72h的DMSO与实验组G2期的位置差异很大，是否我重新分析一下数据就可以了，G1 G2期的位置尽量一致？
Thanks~

HuiMinW99

niwanmao 发表于 2024-12-16 09:19
整体看，DMSO组的G2期好像拟合位置确实不太好，导致G2期的比例偏低

但是这个审稿人的问题一看就是完全外行 ...

关于G2期的位置，我遇到过相似的问题。
G2的位置看起来不太合适，但把峰放在那个看起来不太合适的位置，曲线反而吻合得更好，RCS值更小了。
从图中看，粉色拟合出来的线与真实曲线吻合的很好，提问者可能也是这样决定G2位置的。
所以我在想，我们分析数据的时候，如何在软件的算法和我们自己的判断之间做一个令大家信服的平衡

niwanmao

HuiMinW99 发表于 2025-1-24 22:00
关于G2期的位置，我遇到过相似的问题。
G2的位置看起来不太合适，但把峰放在那个看起来不太合适的位置， ...

你说的是Modfit软件，有较大随机性，但实际上跟设置的G2/G1比值关系很大

楼主这个是NovoExpress，两者算法不一样，NovoExpress会严格按照位置拟合