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[淋巴细胞相关] 小鼠原代树突状细胞圈门问题

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发表于 2025-5-2 16:27:43 | 显示全部楼层 |阅读模式
悬赏1流星未解决

图1.圈左下角时,是树突状细胞最多的位置

图1.圈左下角时,是树突状细胞最多的位置

图2.圈淋巴细胞群常见位置时,树突状细胞最少

图2.圈淋巴细胞群常见位置时,树突状细胞最少

图3.圈中间这一群时,死细胞最多

图3.圈中间这一群时,死细胞最多

图4-1.cDC1亚群CD80单染管

图4-1.cDC1亚群CD80单染管

图4-2.cDC2亚群CD80单染管

图4-2.cDC2亚群CD80单染管

图5.CD80 FMO管

图5.CD80 FMO管

图6.CD80全染管

图6.CD80全染管
图7.来自同一只小鼠的空白管cDC1.png
图7.来自同一只小鼠的空白管cDC2.png

图8.电压

图8.电压

图9基线报告1

图9基线报告1

图9基线报告2

图9基线报告2

图10性能评估1

图10性能评估1

图10性能评估2

图10性能评估2

图11.不同圈门位置的细胞群1

图11.不同圈门位置的细胞群1

图11.不同圈门位置的细胞群2

图11.不同圈门位置的细胞群2
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 楼主| 发表于 2025-5-2 17:01:39 | 显示全部楼层
本帖最后由 sdl1991shi 于 2025-5-13 22:28 编辑

我一直有一个疑问,很多教程都说SSC和FSC通道中左下角靠近0位置的都是细胞碎片,但是我在流式圈门树突状细胞时,大多数的树突状细胞cDC1和cDC2都集中在左下角。
想请大家帮忙看看,其中,BV421是死活染料,APC是CD11c, APC-R700是MHCII,BV650是XCR1(cDC1),Percp-cy5.5是CD172a(cDC2)

问题:
1.想知道大多数DC细胞是不是都在左下角位置,因为大部分教程说左下角都是细胞碎片,细胞碎片也可以被荧光染料染色,最后被圈门吗

2.中间这一群是不是就代表着死细胞所在的位置

3.如果DC真的在SSC和FSC左下角位置,它为什么会这么靠下,和电压没什么关系,因为我在至少3个流式分析仪和分选仪上机,都是在最下方,而且电压不低

4.应该按单染管的界限圈门,还是按照FMO管的位置圈门
     在BV650:cDC1亚群中CD80的圈门位置:按照图4的单染管圈在10*3次方的位置,按照CD80的FMO管圈在接近0次方的位置,为什么单染管和FMO管的圈门位置会差这么多。
     在PerCPCY5.5:cDC2亚群中,单染管CD80的阴阳性群在10*3次左右的位置分群明显,但在全染管和FMO管中cDC2亚群几乎是阴性的的,没有阳性细胞,这是为什么。这些都来自于同一只小鼠的脾脏,是因为用的染料有4种都是BrilliantViolet 大分子染料的原因吗
请麻烦大神帮忙看一下CD80的设门位置应该在哪里,比较疑惑的地方在于CD86的表达量还可以,但是相对于的CD80几乎圈不出阳性细胞群,这是为什么

5.根据图11,不同圈门位置的cDC1亚群的位置会有变动,到底哪一个才是真实的cDC1细胞群体?

恳请各位大佬帮忙解答一下,非常非常感谢各位了,谢谢,谢谢


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发表于 2025-5-4 16:39:56 | 显示全部楼层
sdl1991shi 发表于 2025-5-2 17:01
我一直有一个疑问,很多教程都说SSC和FSC通道中左下角靠近0位置的都是细胞碎片,但是我在流式圈门树突状细 ...

图1-6和图7-8,都是在同一台机器同一条件下获取的吗?
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 楼主| 发表于 2025-5-5 17:22:27 | 显示全部楼层
本帖最后由 sdl1991shi 于 2025-5-5 17:30 编辑
niwanmao 发表于 2025-5-4 16:39
图1-6和图7-8,都是在同一台机器同一条件下获取的吗?

是的,所有的图都是在同一个机器上运行的,型号BD FACSCelesta。整个流式所用的荧光染料很多,有十几支,占了10个荧光通道,该机器是12色机器,上机前2周我刚刚做过CST质控。另外附上图8.电压数值。谢谢老师
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发表于 2025-5-6 08:43:50 | 显示全部楼层
sdl1991shi 发表于 2025-5-5 17:22
是的,所有的图都是在同一个机器上运行的,型号BD FACSCelesta。整个流式所用的荧光染料很多,有十几支, ...

图6的FCS文件,有无可能传一个上来?各个通道的抗体均标识清楚
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 楼主| 发表于 2025-5-13 22:22:09 | 显示全部楼层
本帖最后由 sdl1991shi 于 2025-5-13 22:47 编辑
niwanmao 发表于 2025-5-6 08:43
图6的FCS文件,有无可能传一个上来?各个通道的抗体均标识清楚

可以的,站长您好,由于我都是百万级别的收样,每个文件都在100M以上,大于附件的上传大小要求了。我上传到百度网盘了,您看看。如果还是不行,发邮箱给您也可以,大概是530M左右。我把FMO管、单染管和2个全染管都放进去了。



通过网盘分享的文件:20250513流式中文网数据.acs
链接: https://pan.baidu.com/s/1kbOsWChN9JlOHwJ3w24Lmw 提取码: f7xd
--来自百度网盘超级会员v9的分享


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发表于 2025-5-14 08:49:55 | 显示全部楼层
sdl1991shi 发表于 2025-5-13 22:22
可以的,站长您好,由于我都是百万级别的收样,每个文件都在100M以上,大于附件的上传大小要求了。我上传 ...

acs似乎是组合文件,我这边无法分析

能否分开来单独的FCS文件
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 楼主| 发表于 2025-5-15 10:21:25 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2025-5-14 08:49
acs似乎是组合文件,我这边无法分析

能否分开来单独的FCS文件

好的。ACS是Flowjo的存储文件格式,直接用flowjo打开,可以看见我的圈门逻辑和后期flowjo调的补偿。因为我上机时BD软件上调的补偿不太好,用BD Diva直接调用可能效果不太行。我重新上传了FCS文件、生物标志物对应荧光染料文件、圈门逻辑图和flowjo后期调的补偿矩阵文件。您看看,行不行。
通过网盘分享的文件:FCS
链接: https://pan.baidu.com/s/1SNbybD33IJqBgNY5dRypOg 提取码: 6pvs
--来自百度网盘超级会员v9的分享
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发表于 2025-5-15 21:53:06 | 显示全部楼层
sdl1991shi 发表于 2025-5-15 10:21
好的。ACS是Flowjo的存储文件格式,直接用flowjo打开,可以看见我的圈门逻辑和后期flowjo调的补偿。因为 ...


请看下图,原因就在于,你没有事先排除死细胞,FSC小的那些都是死细胞,所以会导致你认为DC都在小细胞区域。  实际上活的DC都在大细胞(70%以上)

20250515215203.png
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