不同软件分析流式结果一致吗

huanghyes

我想请问下，用流式细胞仪自带的软件或第三方软件分析的结果一致吗？会变吗（我指的是绝对意义上的不变，不是相对于对照样本的不变）？我一般要得得到的是平均荧光水平，第一天我做完当时没有把结果保存输出PDF（方案文件没保存，数据文件、仪器设置保存了），但我看了眼大概记住了那个平均荧光强度，第二天我再把结果调出来，发现平均荧光强度大小变了（当然对照样本也变了），但我老大要求固定住，这个样本是多少就是多少，保持不变。我改怎么办，怎么设置呢？谢谢了！

haven_t

huanghyes 发表于 2011-11-7 14:51

                               
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谢谢你们。我两天都是用的自带软件。我感觉也是由于没保存方案文件，导致第二天 门的设置有了变化，导致我 ...

是的，我觉得最大可能就是设门的关系，特别是门边界跨越细胞密集的区域，这样影响会更大，所以我要你对比一下两个软件计算全部细胞的荧光强度是否一致，这时候没有设门，所以不会受设门的影响，反正我是用这个方法验证我软件的运算是否正确。

相对荧光强度正如你所说的那样子计算。

haven_t

绝大部分是一样的，但不能排除有仪器进行了某种转换。要验证的话就不要设门，直接看所有细胞的平均荧光强度是否一致，这样就可以排除设门的影响。因为图形是对数处理过的，差别几个像素可以差别很大。

另外似乎没见过人用绝对荧光强度的，为了减少电压的影响，一般都用相对荧光强度

niwanmao

你是指第一天用自带软件分析，第二天用第三方软件分析，结果发现荧光强度发生了改变？
应该有可能的吧。可以请haven_t回答一下，最好把自带软件名称和第三方的软件名称都说一下。


晕，刚发出去，haven居然就在我前面回答了。哈哈。

huanghyes

谢谢你们。我两天都是用的自带软件。我感觉也是由于没保存方案文件，导致第二天 门的设置有了变化，导致我的平均荧光强度变了。有没有道理？haven_t你说的相对荧光强度是指“处理的样本荧光值/对照样本荧光值”得到的值吧？

niwanmao

huanghyes 发表于 2011-11-7 14:51

                               
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谢谢你们。我两天都是用的自带软件。我感觉也是由于没保存方案文件，导致第二天 门的设置有了变化，导致我 ...

1、建议保存方案文件，以保证结果一致性。
2、如果没保存，也可以注意一下你设置的marker或十字门的精确位置（cellquest里面是可以显示精确坐标的）。

haven_t

突然想起一种情况，如果你的仪器支持FCS3.0数据格式，但你导出为FCS2.0格式的话，数值会发生较大的改变。

niwanmao

haven_t 发表于 2011-11-8 10:28

                               
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突然想起一种情况，如果你的仪器支持FCS3.0数据格式，但你导出为FCS2.0格式的话，数值会发生较大的改变。 ...

这是为什么呢？FCS 2.0和3.0应该主要是文件结构不同，他的数值不应该发生改变吧。

haven_t

niwanmao 发表于 2011-11-8 11:02

                               
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这是为什么呢？FCS 2.0和3.0应该主要是文件结构不同，他的数值不应该发生改变吧。 ...

首先是因为range不一样，2.0数据绝大部分以整数形式储存，对数情况下荧光强度值从1~10^4。而3.0基本能达到10^5以上，这样从3.0转到2.0时，考虑到10^4以上的数值，必然要经过转换，所以荧光强度一定会发生改变。
另外一个原因是补偿的缘故，这个问题从我以前的帖子能找到答案的。

niwanmao

haven_t 发表于 2011-11-8 11:28

                               
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首先是因为range不一样，2.0数据绝大部分以整数形式储存，对数情况下荧光强度值从1~10^4。而3.0基本能达 ...

2.0存成3.0版本的有没有这种问题？