关于modfit处理数据的几个疑问

shen_coco

看流式老师用modfit处理数据的时候发现有几个疑问，请大家帮忙解释解释。

第一个，关于门的设置，我做的实验是做一个化疗药物的细胞周期，细胞死的比较多，碎片也相对较多，如果设的门较大的时候G0期左边就有相对多的碎片，如果门往上设一点，可以把G0期左边的碎片全部去掉，但是同时前面也看不到凋亡了。这两种设门方法处理的结果相差也挺大的，请问我应该怎么设门才比较好呢？

第二个，还是细胞碎片的问题，如果选手动模式的时候，我发现选与不选自动细胞碎片分析结果也相差很远的。




这幅图是没有自动分析细胞碎片的



这幅是分析了细胞碎片的

两幅图的G0期和G2期的结果差很多的，大家说应该怎么选啊

niwanmao

1、尽可能通过FSC-SSC图，把碎片排除掉，这是肯定的。
2、是否把AUTO DEBRIS功能选进去，怎么样的结果才是合理的拟合结果，我一般是通过MODFIT的DIAGNOSIS功能中的RCS指标，例如下面这两个诊断结果，第一个是选择了AUTODEBRIS功能，RCS在5以内，还可以接受；而第二个把AUTO DEBRIS功能去掉了，结果RCS马上就增大了，大于5，这样就不能接受了。

图1、选择了auto DEBRIS功能：


图2、没选择AUTO DEBRIS功能。

shen_coco

niwanmao 发表于 2011-12-3 14:21

                               
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1、尽可能通过FSC-SSC图，把碎片排除掉，这是肯定的。
2、是否把AUTO DEBRIS功能选进去，怎么样的结果才是 ...

哦，就只是看RCS就可以了吗？软件自动碎片是怎么计算出来的，它依据什么样的原理呢

niwanmao

shen_coco 发表于 2011-12-3 14:27

                               
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哦，就只是看RCS就可以了吗？软件自动碎片是怎么计算出来的，它依据什么样的原理呢 ...

对于拟合结果，我只看RCS，但对于整个结果的评估，则是所有这6个参数都要看。
碎片排除是在modfit里面的Mod按钮单击之后的选项窗口中选择。至于它是通过什么原理，我就不清楚了：）

shen_coco

niwanmao 发表于 2011-12-3 16:01

                               
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对于拟合结果，我只看RCS，但对于整个结果的评估，则是所有这6个参数都要看。
碎片排除是在modfit里面的M ...

哦，谢谢斑竹解答

vetzcm

niwanmao 发表于 2011-12-3 00:49

                               
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1、尽可能通过FSC-SSC图，把碎片排除掉，这是肯定的。
2、是否把AUTO DEBRIS功能选进去，怎么样的结果才是 ...

浏览到这个帖子，我也想请教倪老师一个问题，就是在做细胞周期时，需要在FSC-SSC散点图上设门吗？我们实验室做周期实验，模板上就画一个FSC-SSC散点图，然后再画个PE的直方图，在上面50和100处直接设了P1和P2两个门，这样怎么把碎片或者粘连得细胞排除呢？之前我也一直想可不可以让机器在收集细胞时尽可能只采集目标细胞的数据，这样收集的30000个细胞分析起来可能RCS会符合要求，最主要的是接近实际最需要分析的细胞群，不知倪老师是怎么做到这一点的，感觉样品处理过程总避免不了有碎片和没消化散开的细胞团块的情况存在

vetzcm

vetzcm 发表于 2012-3-22 22:52

                               
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浏览到这个帖子，我也想请教倪老师一个问题，就是在做细胞周期时，需要在FSC-SSC散点图上设门吗？我们实 ...

对了，我们的机器是FACSAria 型号的

niwanmao

vetzcm 发表于 2012-3-22 22:52

                               
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浏览到这个帖子，我也想请教倪老师一个问题，就是在做细胞周期时，需要在FSC-SSC散点图上设门吗？我们实 ...

只取目标细胞我倒没考虑过，我觉得只取目标细胞虽然可行，但是不能反映真实标本状况，而且只取目标细胞，到时候在分析图上就显示中间一块，象挖出来似的，给别人看就觉得象做假似的。