FCS原始数据读取后如何进行Log转换？

niwanmao · 发表于 2012-7-6 08:24:59

这个问题涉及到编程，请有相关经验的站友，尤其是haven_t，帮忙解答一下。

昨天利用MATLAB代码读取了FCS文件里的原始数据之后，直接绘图，发现跟你的CFCS软件画的完全不同，我考虑可能是因为我没有对数据进行Log转换，不知道是不是这个缘故？如果要转换，该怎么进行？谢谢。

这是CFCS做的图：

CFCS的图

这是读取数据之后直接绘制的散点图：

不进行转换

haven_t · 发表于 2012-7-6 08:25:00

本帖最后由 haven_t 于 2012-7-6 11:20 编辑

我觉得是一样的，可能是点太大使群体饱和的缘故。而且X和y调换了。

niwanmao · 发表于 2012-7-6 11:41:04

haven_t 发表于 2012-7-6 11:19

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我觉得是一样的，可能是点太大使群体饱和的缘故。而且X和y调换了。

呵呵，原来是坐标轴搞反了。
不过奇怪啊，这种用log方式取的直接读出来画就行了？还是因为calibur是模拟型机器的缘故？

CD45－SSC点图

haven_t · 发表于 2012-7-6 12:32:40

是的。
有什么样的实验数据需要用MATLAB呢？

niwanmao · 发表于 2012-7-6 12:41:10

haven_t 发表于 2012-7-6 12:32

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是的。
有什么样的实验数据需要用MATLAB呢？

哦，是想把里面的数据导出为文本格式，然后按照一定格式做上标记，所以就用MATLAB的现成代码搭出这个功能。

haven_t · 发表于 2012-7-6 22:04:03

niwanmao 发表于 2012-7-6 12:41

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哦，是想把里面的数据导出为文本格式，然后按照一定格式做上标记，所以就用MATLAB的现成代码搭出这个功能 ...

导出成文本的话有专门的软件，不需要安装Mathlab这个庞然大物，不大明白您所谓做标记是什么意思，我还以为您想实现象Verity那个软件一样用来建模。

niwanmao · 发表于 2012-7-6 22:23:02

haven_t 发表于 2012-7-6 22:04

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导出成文本的话有专门的软件，不需要安装Mathlab这个庞然大物，不大明白您所谓做标记是什么意思，我还以 ...

这个明白，有个java编的小工具，我还要把这些文本格式的数据进行另外的处理，并且用MATLAB绘图也容易点。

我发现可能还是需要进行Log转换，上面我放的两个图是CD45/SSC，似乎形状跟你的相同了，但后来换到CD7 FITC/CD117 PE，就不行了。不知道你的算法是怎么进行Log转换的？

我的

你的

haven_t · 发表于 2012-7-6 23:18:02

用点，不要用圈，点的大小可能会造成视觉上的差异

niwanmao · 发表于 2012-7-7 05:42:04

haven_t 发表于 2012-07-06 23:18:02

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用点，不要用圈，点的大小可能会造成视觉上的差异

应该不是视觉上的问题，就看那堆cd117阳性细胞好了，跟下面那大堆阴性细胞距离，我用数据直接画出来的就特别近

haven_t · 发表于 2012-7-7 23:42:53

niwanmao 发表于 2012-7-7 05:42

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应该不是视觉上的问题，就看那堆cd117阳性细胞好了，跟下面那大堆阴性细胞距离，我用数据直接画出来的就特 ...

你先试一下改用最小的点或者不要绘制这么多细胞吧，点大并且细胞密度高就会造成这个效果，其实数据可视化是个比较复杂的问题。

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