流式数据导入Flowjo，就变了，请教如何解决

CRP · 发表于 2012-8-14 11:54:57

本帖最后由 CRP 于 2012-8-14 11:56 编辑

大家好，我有一个问题，我的数据导入Flowjo后，FSC-SSC就变的不完整了，见下图，但是后面细胞因子的图是正常的，而且在仪器上也是正常的，我用的是FACSVERSE上机的,门确实是少了很多细胞，应该在坐标轴上，请问：

1.这是什么原因造成的？
2.有什么解决办法？
3.后面实验如何避免？

先谢谢大家了！

haven_t · 发表于 2012-8-14 12:47:44

把原始数据和verse上的图发上来看看，估计是range的问题。

CRP · 发表于 2012-8-14 17:21:29

本帖最后由 CRP 于 2012-8-14 17:22 编辑

haven_t 发表于 2012-8-14 12:47

登录/注册后可看大图

把原始数据和verse上的图发上来看看，估计是range的问题。

那您帮我看看吧，谢谢了

niwanmao · 发表于 2012-8-14 19:52:00

CRP 发表于 2012-8-14 17:21

登录/注册后可看大图

那您帮我看看吧，谢谢了

用haven_t的CFCS打开，FSC/SSC点图的分布似乎是跟flowjo不同？看来只能请haven_t来解答一下了，这种原理上的问题不太懂，难道对数据的解析上不一样？

CFCS的FSC/SSC点图

niwanmao · 发表于 2012-8-14 20:05:54

CRP 发表于 2012-8-14 17:21

登录/注册后可看大图

那您帮我看看吧，谢谢了

我用py-fcm库画出的FSC/SSC图也是跟haven_t的CFCS一样，后来我仔细观察了下你上传的flowjo做的FSC/SSC，可能还是跟flowjo的颜色标示、图片长宽等设置有关，造成我们产生错觉，应该flowjo、CFCS和py-fcm三者画出的还是一样的。

py-fcm画的FSC/SSC图

CRP · 发表于 2012-8-14 21:18:25

niwanmao 发表于 2012-8-14 20:05

登录/注册后可看大图

我用py-fcm库画出的FSC/SSC图也是跟haven_t的CFCS一样，后来我仔细观察了下你上传的flowjo做的FSC/SSC， ...

您可以圈一下细胞看看数目，我的只有44%，我在flowjo明显看到有很多在在坐标轴上压着，上面的轴上，我看这三个打开的差不多，但是和机器上的完全不一样的，机器上是这样的，大致，但这个图不是上面对应的样品。

haven_t · 发表于 2012-8-14 23:35:29

本帖最后由 haven_t 于 2012-8-14 23:43 编辑

CRP 发表于 2012-8-14 21:18

登录/注册后可看大图

您可以圈一下细胞看看数目，我的只有44%，我在flowjo明显看到有很多在在坐标轴上压着，上面的轴上，我看 ...

上面是机器的图?没问题啊,一样大把细胞堆在坐标轴上,注意一下XY轴换了,而且显示细胞数量不一样也会造成差异.最好发张机器上清晰一点的图.

niwanmao · 发表于 2012-8-15 09:27:17

应该是由于你在flowjo中使用了彩色的图造成视觉误差，一些干扰的色差是可能造成密度上的判断错误。
所以有的时候，还是不能相信自己的眼睛的，哈哈。比如下面这幅图，如果没有后面的彩虹色，这些方块都是整整齐齐的排列，一旦加上了彩虹色，马上就成波浪形了。

视觉误差

CRP · 发表于 2012-8-15 12:23:58

haven_t 发表于 2012-8-14 23:35

登录/注册后可看大图

上面是机器的图?没问题啊,一样大把细胞堆在坐标轴上,注意一下XY轴换了,而且显示细胞数量不一样也会造成差 ...

好的，我明天做实验弄张清洗的，这个是我以前扫描的，确实是有细胞在坐标轴上，但是机器上的图确实不是这样的

CRP · 发表于 2012-8-15 12:25:00

niwanmao 发表于 2012-8-15 09:27

登录/注册后可看大图

应该是由于你在flowjo中使用了彩色的图造成视觉误差，一些干扰的色差是可能造成密度上的判断错误。
所以有 ...

彩色可能会有少许的偏差，但是这个明显和机器上的显示不一样，我明天吧机器的图弄来给你们看看

账号		自动登录	找回密码
密码			加入流式中文网

[细胞因子检测] 流式数据导入Flowjo，就变了，请教如何解决