R语言的flowCore包画出来的流式图很朦胧

niwanmao

这是@haven_t  站友编的CFCS画的图：

CFCS画的图

这是flowCore包画出来的图：


这个包还比较强大的，只是做什么事情都得输命令，不友好。
使用方法：
首先安装R语言：http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/
然后启动R语言程序，在命令窗口依次输入下面两行命令：
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("flowCore")

haven_t

这是其中一种形式的图,类似密度图,flowjo也有类似的图,只是大家少用而已.

haven_t

下载了一堆的包，怎么打开数据开始使用呢

niwanmao

haven_t 发表于 2012-09-25 22:30:46

                               
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下载了一堆的包，怎么打开数据开始使用呢

需要用system.file打开文件，今天上午我要去口腔科弄一下肿的一塌糊涂的牙龈，痛了好几天了，晚上我把具体语句发上来。

niwanmao

haven_t 发表于 2012-9-25 22:30

                               
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下载了一堆的包，怎么打开数据开始使用呢

老杜，不好意思，昨天关机了才想起来忘了发命令行语句给你了。

要按照下面的流程做：

library("flowCore")
f<-choose.files("","Please select fcs data files",FALSE)
x<-read.FCS(f)
library("flowViz")
plot(transform(x, `SSC-H` = log(`SSC-H`), `FL3-H` = log(`FL3-H`)),c("SSC-H", "FL3-H"))


transform是将其转换为log模式，当然，不转换也可以。
ssc-h这类参数名称只要输入x回车就可以看到了。

haven_t

niwanmao 发表于 2012-9-27 13:22

                               
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老杜，不好意思，昨天关机了才想起来忘了发命令行语句给你了。

要按照下面的流程做：

倪兄太客气了，你要注意休息才是。

运行library("flowViz")时发生错误：
错误于library("flowViz") : 不存在叫'flowViz'这个名字的程辑包
这个包强大在哪里呢？

niwanmao

haven_t 发表于 2012-9-27 19:52

                               
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倪兄太客气了，你要注意休息才是。

运行library("flowViz")时发生错误：

提供了各种绘制流式图的功能，应该说你的CFCS里面基本上都有了，没有很强大的玩意儿，只是在R语言环境下只能用它来画流式图而已。

http://www.bioconductor.org/pack ... Viz/man/flowViz.pdf

haven_t

niwanmao 发表于 2012-9-27 21:15

                               
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提供了各种绘制流式图的功能，应该说你的CFCS里面基本上都有了，没有很强大的玩意儿，只是在R语言环境下 ...

有没有发现这类型通过调用第三方库实现绘图功能的软件，包括那个python编写的绘制出来的图形确实比较漂亮，但是坐标轴似乎没有经过处理，感觉不太完美。

niwanmao

haven_t 发表于 2012-9-28 10:14

                               
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有没有发现这类型通过调用第三方库实现绘图功能的软件，包括那个python编写的绘制出来的图形确实比较漂亮 ...

默认是不处理的，但是可以通过参数设置。

素年锦时323

niwanmao 发表于 2012-9-26 23:22

                               
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老杜，不好意思，昨天关机了才想起来忘了发命令行语句给你了。

要按照下面的流程做：

补充一下：
1. "flowViz" 以及“flowStats”在最新版R里面是没有的：

1. Error:package ‘flowViz’ is not available (for R version 2.15.1)

复制代码

，目前我的办法就是重新安装一个比较老版本的R。
2. 如果有MAC 用户，"choose.files"是不能用的：

1. Error: could not find function "choose.files"

复制代码

可以在安装“flowcore”之后，直接使用

1. read.FCS(file.choose(),...)

复制代码

一点点拙见