用ModFit进行数据分析相关问题

EthanMr · 发表于 2012-9-25 18:33:39

本帖最后由 EthanMr 于 2012-9-25 19:54 编辑

最近刚开始做细胞周期分析，在用ModFit分析数据时，有些问题不太明白，向各位老师们请教一下。非常感谢！
1. 下图所示为软件自动分析结果。A图的数据在自动分析时，软件将"Number of cycles"默认为“2”，然后就出现了四倍体的G1期，我想问一下能否在进行自动分析时将这一参数设为“1”。我知道用手动分析时怎么将这一参数设为“1”，但手动分析时RCS值比自动分析要高很多，尝试了各种调整，仍然很高，如图D所示。
2. 我想问一下RCS值跟什么参数有关，进行哪些调整可以减小RCS值，尽可能的去除细胞碎片是一个办法，我对圈门进行了各种调整，图B中的RCS值依然大于5，不知道还有没有其它办法。

图1

3. 凋亡峰存在时的周期分析。当有凋亡峰存在时Modfit的自动分析功能不是很好用，凋亡峰识别效果不好，如图E、F所示。只能采用手动模式，我的分析结果如图G、H所示，感觉结果不是很对，特别是图G，凋亡峰明明很小，数据却显示有23.18%的凋亡。不知道是不是我圈门不太正确的原因。另外，我还想问一下，在进行手动分析时，“Debris”应该如何选择？
图片3.png

注：所有样品都收集了30000细胞。

niwanmao · 发表于 2012-9-25 18:33:40

前几天牙痛，没用电脑上网，所以一直没法仔细看你的问题。现在仔细看了下，我大致回答下：

1、自动模式只适用于那些没有凋亡峰，而且周期峰非常清楚的数据。所以建议尽可能都用手动分析，其实时间差不多的。我从来没用过自动分析。

2、RCS是reduced chi square，是衡量拟合后的曲线模型是否能够反映真实数据的指标，一般这个数字越接近1，越说明其与真实数据吻合。该数据一般针对10000个细胞以上的数据比较有效，所以你的数据量不成问题，后面的调节就是在峰的位置上进行微调，尽量使RCS值<3，如果实在调不下来，至少也要<5。

3、这种凋亡峰比例异常高的情况，往往是在G1峰有个小斜肩的时候出现，这时只能通过不断调节各个峰的位置，同时不断调节debris的位置和范围来实现。我平时调节debris的原则是尽量靠左，直到调至不影响正常分析为止，至少肉眼看不出和真实数据有什么差别。

@chilliping

EthanMr · 发表于 2012-9-25 19:55:10

本帖最后由 EthanMr 于 2012-9-25 19:59 编辑

附上原始文件

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chilliping · 发表于 2012-9-26 08:34:48

我也遇到过同样的问题，期待高手解答

wmingzhen · 发表于 2012-9-26 20:12:41

学习了，很是受益。

EthanMr · 发表于 2012-9-27 23:44:51

niwanmao 发表于 2012-9-26 19:52

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前几天牙痛，没用电脑上网，所以一直没法仔细看你的问题。现在仔细看了下，我大致回答下：

1、自动模式只 ...

多谢倪老师。我又试着调了一下，发现当debris靠左时，会出现另外一个无色填充的峰，是什么原因？对结果有没有影响，没有影响的话我就用PS给弄掉了。
图片1.png

niwanmao · 发表于 2012-9-28 06:36:28

EthanMr 发表于 2012-9-27 23:44:51

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这个无效峰对结果没有影响，但是千万别ps，ps会画蛇添足，反而别人专家审稿时可能会认为你造假

EthanMr · 发表于 2012-9-28 10:14:41

niwanmao 发表于 2012-9-28 06:36

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这个无效峰对结果没有影响，但是千万别ps，ps会画蛇添足，反而别人专家审稿时可能会认为你造假 ...

好的，多谢啦！

chilliping · 发表于 2012-10-9 10:05:49

有谁用过multicycle分析周期的？我在里面找不到分析凋亡峰的地方

niwanmao · 发表于 2012-10-9 10:35:45

chilliping 发表于 2012-10-9 10:05:49

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有谁用过multicycle分析周期的？我在里面找不到分析凋亡峰的地方

帮你 @haven_t

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