FlowJo 7.6.1版本导出FCS3.0的功能有问题

niwanmao · 发表于 2012-10-29 22:51:58

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今天为了测试一个分析功能，将calibur机器上的listmode文件通过FlowJo 7.6.1版本导出FCS3.0，结果在分析时发现图形全变了，于是再改为导出FCS2.0，没有问题。见下图。故请大家慎用flowjo的导出为FCS3.0功能！

导出对比图

niwanmao · 发表于 2012-10-29 22:58:18

另外，似乎即使是FCS2.0格式，其分隔符似乎与ordinary or FacsDIVA FCS2.0 （“\”或“FF”）、Becton EPics DLM FCS2.0（“！”）的软件导出的FCS2.0分隔符也不同，是|，所以在matlab一个读取代码中无法正常通过。

niwanmao · 发表于 2012-10-29 23:10:53

BD的FACS Diva导出的FCS 3.0，那段MATLAB代码就能够正常显示：

chenguiqing.fcs (236.07 KB, 下载次数: 16)

PS：@haven_t ，在CFCS软件似乎这个文件没法正常显示啊，flowjo倒是能够解析这个FCS3.0数据。

haven_t · 发表于 2012-10-30 13:55:48

niwanmao 发表于 2012-10-29 23:10

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BD的FACS Diva导出的FCS 3.0，那段MATLAB代码就能够正常显示：

没问题啊，只是没有做对数处理而已。可以通过transform进行调整。

niwanmao · 发表于 2012-10-30 21:51:11

haven_t 发表于 2012-10-30 13:55

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没问题啊，只是没有做对数处理而已。可以通过transform进行调整。

CFCS没看到transform菜单啊？是通过其它软件转换？

haven_t · 发表于 2012-10-31 07:56:04

niwanmao 发表于 2012-10-30 21:51

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CFCS没看到transform菜单啊？是通过其它软件转换？

现在这个没有，再过一两周吧，正在写logical的函数。

yxqd · 发表于 2012-10-31 14:30:02

Calibur只能生成FCS2.0格式的数据。
对于FCS2.0格式的数据，FlowJo只能将其导出为2.0的
如果是FCS3.0格式的数据，FlowJo能将其导出为FCS3.0和FCS2.0

niwanmao · 发表于 2012-10-31 14:57:44

yxqd 发表于 2012-10-31 14:30:02

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Calibur只能生成FCS2.0格式的数据。
对于FCS2.0格式的数据，FlowJo只能将其导出为2.0的
如果是FCS3.0格式的数据，FlowJo能将其导出为FCS3.0和FCS2.0

这个理由不充分，同样的calibur上cellquest获取的2.0数据，用diva导入后能导出正常的fcs 3.0文件，而flowjo不行，只能说明diva的数据导出功能比flowjo强。

haven_t · 发表于 2012-10-31 15:26:52

yxqd 发表于 2012-10-31 14:30

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Calibur只能生成FCS2.0格式的数据。
对于FCS2.0格式的数据，FlowJo只能将其导出为2.0的
如果是FCS3.0格式的 ...

2.0和3.0没有本质的区别，低版本转高版本应该没问题，反之反而可能会丢失某些数据。这里出现问题关键还是软件的问题。

yxqd · 发表于 2012-11-6 22:39:31

本帖最后由 yxqd 于 2012-11-7 11:07 编辑

关于导出为FCS2.0和FCS3.0格式，我一直有不少疑问。下面的图都是来自于同一个样本，是Aria采集的，一个用Diva导出为FCS2.0格式，一个为3.0格式。我发现二者之间在图像呈现上有很大的差别：

FCS3.0格式，左边启用了BiexponentialDisplay，右边没有启用

FCS2.0格式，左边启用了BiexponentialDisplay，右边没有启用

从图的比较中可以看出：

对于补偿过的多色实验的数据，肯定会有负值出现，但是如果是导出为FCS2.0格式的话，即使启用Biexponential Display，也不能完整呈现数据。

由此出发，我的疑问是：（下面是我的个人理解，不知道是否正确，这正是希望各位指点的地方，非常感谢！）

1. 对于模拟信号仪器Calibur，多色实验中，对于补偿，在记录数据之前就进行了pulse subtraction，将来自于其他荧光素的荧光值以减去电压的形式减去了？这样的话，得到的FCS2.0格式的数据中，没有原始的荧光值，只有相减之后的结果值？因此要是补偿过度的话，就再也调不会来了？

2. 电子信号仪器，可以导出为2.0和3.0格式的，如果导出为2.0格式的话，那也是只保存下了减去其他荧光素的荧光之后的结果值，没有原始值了，因此补偿过度的话，就再也调不会来了？而3.0格式的数据，保存了原始荧光值、补偿矩阵，因此补偿是可逆的，可以通过调整补偿矩阵值的大小重新调整？

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