文件格式FCS 2.0与3.0有什么不同？

FCS

刚才看Verse介绍时，提到
FCS format
FCS 3.0 for export
FCS 2.0 and 3.0 for import
突然好奇它们两个的区别。

niwanmao

这种文件格式方面的， @haven_t  最最专业。
我只是在有段时间读取文件时，发现两者有点区别：例如我检测CD45时以log获取，那么输出FCS2.0格式时存储的直接是log转换后的数据，但如果是FCS3.0格式存储，就是log转换前的数据。
其它还需要@haven_t 来讲讲。

haven_t

BD 仪器导出2.0和3.0的差别确实是这样的，但从ISCA制定的FCS标准来看，对数的差别在2.0和3.0区别是不存在的，因为2.0的文档已经把这个属性写进去了，只是2.0时代没有厂家使用线性直接储存数据而已。具体可以参考cytometry的文献，每个版本的FCS 标准都会发布在cytometry上。标准只是个建议，但是很多厂家都没有完全遵循这个规定。

niwanmao

haven_t 发表于 2013-3-17 10:51

                               
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BD 仪器导出2.0和3.0的差别确实是这样的，但从ISCA制定的FCS标准来看，对数的差别在2.0和3.0区别是不存在的 ...

厂家先不说，cytometry上的标准，经你研究2.0和3.0之间存在哪些比较明显的区别？

haven_t

不觉得有很大的区别，现在3.1标准出来了，感觉没什么改变，厂家们都各顾各的，暂时感觉不到哪一条体现出真正的区别。

hoper

我们最近也在按FCS 3.1标准解析数据文件，有一些疑问：
TEXT段 G 打头的系列关键字（门参数）在实际操作中是如何使用的？例如$GnE, $GnN。
是存储分析时的门信息吗？
想找一些存储了该字段信息在FCS文件参考一下。不知道大家有没有进行过这样的操作？
我们在一些厂家的软件中尝试过，作了门设置的数据存储成fcs时并未存储门信息。

niwanmao

hoper 发表于 2013-3-21 18:28

                               
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我们最近也在按FCS 3.1标准解析数据文件，有一些疑问：
TEXT段 G 打头的系列关键字（门参数）在实际操作中 ...

在FCS 3.1文件标准中，确实是存储门相关的信息，但是不是说已经被废除了吗

$GnE Amplification type for gating parameter number n (deprecated).
$GnF Optical filter used for gating parameter number n (deprecated).
$GnN Name of gating parameter number n (deprecated).
$GnP Percent of emitted light collected by gating parameter n (deprecated).
$GnR Range of gating parameter n (deprecated).
$GnS Name used for gating parameter n (deprecated).
$GnT Detector type for gating parameter n (deprecated).
$GnV Detector voltage for gating parameter n (deprecated).

hoper

niwanmao 发表于 2013-3-21 19:33

                               
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在FCS 3.1文件标准中，确实是存储门相关的信息，但是不是说已经被废除了吗

那以前版本的FCS中会有吧？我们考虑的是既然标准中都列出来了，是不是还要兼容一下~

另外，是不是各大厂家提供的软件都会有专用的数据文件格式，可以保存原始数据和分析参数设置等？各位大大们在处理数据时，是不是都会保存这样的数据文件？

niwanmao

hoper 发表于 2013-3-21 21:03

                               
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那以前版本的FCS中会有吧？我们考虑的是既然标准中都列出来了，是不是还要兼容一下~

另外，是不是各大厂 ...

我好像也没看到$G系列的参数嘛。
嗯，那种是分析模板吧。那肯定是需要的，只是保存分析时的各个门、数据结果等。

premedlab

CellCapture软件可以兼容FCS2.0和FCS3.0数据格式。