求助Foxp3

严青V

因为Foxp3貌似分群也不是很理想，所以就有人建议我将PE-CY5FOXP3换成APC的了，但是分群也不是很好。我该怎么办？我看了一下Foxp3的使用说明书，它上面的图分的群也不是很清，但是它做了同型对照。是不是Foxp3就是分群不好，所以才需要做同型对照。我如果做了同型对照是不是就可以解决问题了？我将我的流式数据和Foxp3的说明书添加到附件，还请老师帮忙解答，感激不尽

严青V

@niwanmao 倪老师帮我看一下吧

niwanmao

严青V 发表于 2013-6-8 11:33

                               
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@niwanmao 倪老师帮我看一下吧

foxP3做到与阴性细胞群分得非常开，很难。我也因此而改用了CD127。不过我看了下您的两个数据，感觉APC的FOXP3稍微分群好一些，PE的稍差。数据应该是可以用的。

分析结果如下图片（3张），你要看的就是R-1 AND R-2 AND R-4，这里统计结果显示的比例是占所有的细胞比例，如果你要计算占淋巴细胞比例，只需将R-1 AND R-2 AND R-4的Events除以R-1的Events即可：

设门

foxP3 PE

foxP3 APC

严青V

niwanmao 发表于 2013-6-8 12:59

                               
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foxP3做到与阴性细胞群分得非常开，很难。我也因此而改用了CD127。不过我看了下您的两个数据，感觉APC的F ...

这是太谢谢倪老师了，因为实验的标书上是这样设计的，我不知道能不能改用CD127，如果我不换用APC通道的，是不是也可以，还有就是我需不需要做同型对照？

niwanmao

严青V 发表于 2013-6-8 14:43

                               
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这是太谢谢倪老师了，因为实验的标书上是这样设计的，我不知道能不能改用CD127，如果我不换用APC通道的， ...

APC有的话最好用APC，至少这两个数据文件中，我更倾向于APC。

对照的话，严格来说，应该是FMO对照最好。即做一管CD4、CD25，其它什么都不加的。

严青V

niwanmao 发表于 2013-6-8 14:56

                               
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APC有的话最好用APC，至少这两个数据文件中，我更倾向于APC。

对照的话，严格来说，应该是FMO对照最好。 ...

因为之前我的师姐已经做了一部分，我所需的标本比较难收，重新做，所要花费时间太长。我如果这个图可以用于发文章的话，我就不想换了，不知道行不行。附件中是我上一次做的还有只标CD4和CD25的，但是我不知道阳性群的十字架，应该放在什么地方

严青V

@niwanmao

niwanmao

严青V 发表于 2013-6-8 15:18

                               
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@niwanmao

我看keti2.rar这个压缩文件中的两个数据，似乎细胞状态不一致，是不是用的不是同一批细胞？这样做FMO对照不行。不过光看FOXP3那管分群挺好的，你分析的时候别用十字门，就象我上面那样，自己圈。

附分析结果

liuhui_Foxp3-0531.fcs分析结果

严青V

@niwanmao是同一批做的啊， 做FMO对照不是要确定一个标准来和所要做的做对比吗？就是把对照管中没有凸起来的部分圈起来就行了吗？是不是不需要以坐标为标准？还有就是每一次都要做一次对照吗？

niwanmao

严青V 发表于 2013-6-8 15:56

                               
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@niwanmao是同一批做的啊， 做FMO对照不是要确定一个标准来和所要做的做对比吗？就是把对照管中没有凸起来 ...

处理同一批我懂，我的意思是你的细胞肯定不是同一瓶的，状态相差太大了。
圈就象我图中那样圈，就是略有分离的这块。坐标不需要太在意。
如果可能，尽可能每次都做一个，那是最好的。实在经济受限，也可以不做。