新人可读：流式分析助手V0.9使用教程

kobe327292007

作为一名流式的菜鸟，承蒙各位论坛朋友的帮助，了解了很多流式相关的知识。饮水思源，仅仅用一篇flowcytoAnalyst的教程帖回馈论坛，希望可以帮助更多的新人。
此软件的作用就是方便将数据快速分析，虽然功能简单，却方便携带，操作相对容易。

【版主注：flowcytoAnalyst即流式分析助手V0.9，下载链接：http://www.flowcyto.cn/bbs/thread-2198-1-1.html，该免费的流式分析软件是由FCSAlyzer开源软件汉化并改良而成，目前仅兼容FCS2.0文件，无法分析FCS3.0格式。】

kobe327292007

第一部分：flowcytoAnalyst相关配套软件

使用flowcytoAnalyst分析流式数据文件，
需要以下两个软件+数据文件：
jre-7u25-windows-i586，这个软件的作用应该是创建一个JAVA环境，我推荐直接使用这个32位的版本，因为64位的Win7应该可以兼容它。
flowcytoAnalyst，这个就是最核心的软件了，非常小巧。
然后就是数据文件了，BD公司的Calibur四色流式仪器配套的Cellquest软件统计的数据是可以用flowcytoAnalyst进行分析的。

kobe327292007

先说明一下，我这一次做的是外周血单个核细胞(PBMCs)，分析的是NK细胞(CD56+CD3-)中CD16的表达情况，所用抗体为FITC-CD3、PE-CD56、PE-CY7-CD16。

第二部分：flowcytoAnalyst创建模板，分析数据

当安装好jre-7u25-windows-i586这个软件之后，JAVA环境就创建好了，这时候可以直接双击flowcytoAnalyst打开软件，打开后的界面是这样的：


这个时候我们要先点击文件菜单下的新建模板创建一个环境


在这个空白的画布下，我们可以将流式的数据进行分析，我的习惯是先点击红框内的“绘制点图”，然后在左上角画一个大概的方框作为点图的框架


此时便会弹出来一个对话框，要求选择数据文件。由于我的数据文件是1.001和2.002，所以我先分析1.001数据。


然后依次从左向右再到左下打开了了同样的数据文件01三次，留出右下角的空来放数据


接下来就是设门，先选中上面红框内的“画区域门”，然后在第一个点图里面画一个多边形R0。


然后将多边形R0移动到你的目的细胞处


下面就在第二张图中将FSC-H下拉之后选中CD3-FITC


同样的方式设置纵坐标为CD56 PE，再选择“画十字门”，可以将细胞分为四个亚群，基本上可以定位左上NK细胞，右上NKT细胞，左下B细胞，右下T细胞。


接下来是逻辑门的设置，先选中第二张数据，然后点击“分析数据”菜单下的“设置逻辑门”


在对话框的“逻辑策略”中填写R0，然后点击一下解读，出现“R0”，说明设计成功


接下来，选择G0=R0


图就变成了这个样子


再接下来就是再对NK细胞设门R1，方法同上


最终得到NK细胞的CD16的表达情况


数据统计。先选中想要统计数据的点图，然后点击“分析数据”菜单下的“统计”


我觉得最重要的就是门内比例


好了，数据统计完毕

kobe327292007

第三部分：模板的保存以及使用

点击“文件”菜单下的“模板另存为”


自定义为“kobe”，一直都觉得kobe最大的特点就是坚持不懈，我们作为科研工作者是不是也应该是坚持坚持再坚持呢？


这样模板保存成功。

下面是利用这个模板继续分析数据2.002，首先还是先选中第一张点图，再选择“分析数据”中的“选择数据文件”，这样才能完成第一张点图的替换




然后同上替换第二张点图


最后就成功得到第二份数据


【版主注：其实切换数据文件不需要这么复杂，只要你的数据文件在同一个目录下，就可以使用菜单中的“上一个数据文件”（快捷键Ctrl＋左箭头）或“下一个数据文件”（快捷键Ctrl＋右箭头）】

kobe327292007

写在最后：衷心感谢倪老师，衷心感谢论坛的各位热心的朋友，虽然我们彼此没有见过面，但是论坛就是我们交流的最好的地方。
最后预祝各位朋友工作顺利，身体健康。

kobe327292007

主要是跟flowcytoAnalyst这个软件发在一个区，但是貌似帖的分类不对，@niwanmao ，倪老师看看

niwanmao

kobe327292007 发表于 2013-10-12 21:42

                               
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主要是跟flowcytoAnalyst这个软件发在一个区，但是貌似帖的分类不对，@niwanmao ，倪老师看看  ...

已迁移到流式杂谈版块，感谢@kobe327292007 站友的精彩教程。流式中文网有你更精彩！！！

下次等FCSAlyzer作者把FCS3.0文件分析功能做好之后，我再汉化一次，那位作者可能工作也忙，最近几次更新都不多。

kobe327292007

niwanmao 发表于 2013-10-12 23:36

                               
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已迁移到流式杂谈版块，感谢@kobe327292007 站友的精彩教程。流式中文网有你更精彩！！！

下次等FCSAlyz ...

我也不能确定这个教程是否就是正规的使用教程，因为从来没有自己分析过数据。

不过这个方法确实是可行的，觉得可能有助于像我一样的需要自己分析数据的战友，昨晚花了三个小时做了这个教程。

niwanmao

kobe327292007 发表于 2013-10-13 07:44

                               
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我也不能确定这个教程是否就是正规的使用教程，因为从来没有自己分析过数据。

不过这个方法确实是可行的 ...

差不多了。有些快捷键的内容还需要加上，那些快捷键和cellquest几乎一致。

ポ奉ポ奉餹

这帖子真好~我这种菜鸟级别的看了都懂了很大一部分。。。
  还有一点点疑问，就是在设门部分，想请教下老师如何设门，谢谢