标题：应用ModFit LT软件分析DNA直方图（2、自动分析）
1. 从苹果菜单下进入ModFit LT以启动该软件，并在随后出现的对话方框上按 OK。
ModFit LT软件有一套 S期评估功能，可以依照您所制定的范围，评估该样品中S Phase 比例是属于少量、中度或多量的，并在报告中显示出可信度。软件若还没有被实验室其它人设置过，那么当你进行分析时，将会出现一个关于S期评估的询问方框，提供了3个选项：马上设置S期的临界值；以后再提醒我设置S期的临界值；不需要启动S期评估这项功能。若你需要这项评估，你必须输入你们实验室获得的具有统计意义的各种组织的二倍体或者异倍体的S期的临界值，如没有，则不必启动这项功能。
暂时关闭 S-phase 评估功能
2. 从Edit菜单中选择S-Phase Cutoffs，并去掉对Activate Assessment System的勾选，以取消S Phase评估功能。软件中虽有默认值，但各医院医检师必须键入自定的范围才能有真实的评估功能，因此软件一般会在分析数据时，要求使用者”Entry your own S-Phase cutoff.”。在此练习中，我们先暂时关闭此一功能。
3. 按OK 表示接受此一选项。
开启一数据档案
4. 在工具板中点击File 钮以开启档案。并在随后出现的Open File 对话方框上寻找Sample1m.fcs 数据档案，路径为Mac HD:/BD Application:/ModFit folder，快按两下以开启该档案匣。
5. 选择该档案匣中SampleLM.fcs 数据档案，并选择Open 以载入此檔。
6. 在Choose Parameter For Analysis 对话方框中选择FL2-A 为DNA 参数，点击OK。
7. 如果想要圈选单一细胞，点击Define Gate 1 。
8. 在随后出现的Define Gate Parameter 对话方框中选用FL2-W 为X 参数项， FL2-A为Y 参数项。点击OK。
9. 修改多角形区域以包含所有单一细胞。点击OK 表示接受此一区域设定。
10. 再按一次OK 。软件会从指定的磁盘中读入SampleLM 的DNA 数据，我们已准备好了可以进行数据分析。
11. 在工具板中单击Auto 键。此指令要求软件去执行自动分析功能。它会去扫描DNA 直方图，定出尖峰位置，确定倍体，选择一最适合的数学函数来进行非线性的最小二乘法分析（non-linear least square analysis），最后显示结果，而所有这些分析过程仅须几十秒钟的时间。
12. 现在我们可以点击工具板中的Diags 键来检查此一数据的可信度。Fit Diagnostic方框的上方显示此一样品的相关资料，含%CV, Cell #, RCS, % BAD 四项，并以图表告诉使用者这些值是Poor/ Fair/ Good/ 或Abnormal。如果想读这些分析的文字叙述可按% CV, Cell #, 
CS, % Bad 功能键，这些评估的标准是依照1993 年DNA Consensus Conference Report 而定，可参考文献(Cytometry 14, P471-500, 1993)，读完每个文字叙述时，可点击OK 再看另一个文字叙述。%CV，指的是G0/G1 期峰的CV 值，最好<8%，对于实体组织来说，这个标准比较难达到，但应该尽可能达到，CV 值过大，不仅直接影响到S 期所占比率的计算，还会给倍体的分析带来困难，因为有可能会掩藏了一个不正常的峰；Cell #，指的是用于拟合分析的细胞数，不能少于10000 个；RCS，是一个统计学上的指标，用来反应你所选择的这个模式与你的标本的拟合程度，0.9-3.0 为比较好的一个范围，而3.0-5.0为可以接受，小于0.8 或是大于5.0，都被视为不可接受；%B.A.D，指的是背景中的碎片和聚集体所占的比率，需小于20%。软件还用不同的颜色来代表这些指标的好坏，绿色代表好，黄色代表还可以，红色代表很差或不正常。
13. 如果您启动了S期评估这项功能，软件在Diags中还会进行二倍体，异倍体和总S期的错误分析，分别计算它们的标准偏差。一般而言，DNA直方图的G0/G1峰愈宽，标准差较小，可信度较高，反之，G0/G1峰窄，则变异性高，标准差值变大，实验数据之可信度变低。
14. 点击OK 来关闭Error Analysis dialog 对话方框。
15. 点击OK 来关闭Fit Diagnostics dialog 对话方框。大功告成。
16. 单击工具板中的Report，设置报告的形式。你可在报告中随意添加图形，箭头，或是各种不同字体，不同颜色，不同大小的文字，为了节省时间，你还可将设置好的报告以模版的形式保存起来，以后每一次进入ModFIT，就可以先打开报告，在模版的基础上进行分析了。
17. 如需储存或打印报告，单击工具板中的Save 或rint。
发表于 2010-8-1 20:10:15
发表于 2011-11-25 22:48:04
