利用自动分群技术提高免疫分型分析效率

niwanmao

这是我在10月11日在苏州的泛太湖流式会议上的讲课PPT，里面包含一些自己的使用心得和体会，与朋友们分享讨论。在此说明一下，虽然本PPT着重于自动分群在免疫分型中的应用，但实际上做科研的朋友也可以使用该算法来分析你们的科研数据，或许能找到一群或数群你意想不到的新细胞，试试吧。


PPT截图5张：




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2014-10-14 19:37 上传

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congou

这是好东西，{:soso_e100:}

haven_t

MaxN  , NumC 是什么来的
NumC <- changepointDetection(nc@Mins)$MinIndex + 1是什么意思？

niwanmao

haven_t 发表于 2014-10-15 11:16
MaxN  , NumC 是什么来的
NumC

changepointDetection是flowMeans自带的一个函数，你可以参考一下它的用法，我这里使用的是其默认的语法，找出最佳分群数。MaxN默认设为NA，就是不限制最大分群数量。

haven_t

niwanmao 发表于 2014-10-15 12:23
changepointDetection是flowMeans自带的一个函数，你可以参考一下它的用法，我这里使用的是其默认的语法 ...

这些应该都是基于类聚算法，曾经看过相关资料，发现需要提供很多参数，要考虑背景因素和灵敏度之间的平衡，不容易啊。

niwanmao

haven_t 发表于 2014-10-15 14:55
这些应该都是基于类聚算法，曾经看过相关资料，发现需要提供很多参数，要考虑背景因素和灵敏度之间的平衡 ...

很多算法都需要手工调节参数，使其分群达到最佳效果，但flowMeans我看了Nature上的比较效果，调节前后变化不大，说明比较稳定。经过实际使用的这几例病例，确实不错。