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[结构和原理] 关于设门的一个问题

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发表于 2014-10-17 20:44:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
悬赏1流星已解决
我今天收集的细胞样品中碎片很多,在FSC/SSC散点图里面就能看出来。所以我在收集数据的时候设门去除细胞碎片,尽量使gate 里面的细胞是1万个。

可是等到我用Flowjo分析数据的时候发现在流式细胞仪上设的gate根本没用,细胞碎片还是超多,以至于我想要的细胞数量太少。

请问是我收集数据的时候设门不够正确吗?

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其实我觉得对于debris你应该在收集数据的时候做两项事情: 1)你需要提高threshold的值,这样机器就会自动把这部分的去掉。就像刚做过Ficoll的PBMCs有很多的deris and red cells。如果我们仍按按照既往做的setup来收集数据,最后绝大部分的dots都是死细胞。 2)你在设置stop acquisition events的时候你应该设置在gate里面收集多少细胞后停止。 对于你已经收集好的标本,无论通过什么方式你都没有可能增加活细胞的数目,只能通过 ...
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发表于 2014-10-17 20:44:31 | 显示全部楼层
其实我觉得对于debris你应该在收集数据的时候做两项事情:
1)你需要提高threshold的值,这样机器就会自动把这部分的去掉。就像刚做过Ficoll的PBMCs有很多的deris and red cells。如果我们仍按按照既往做的setup来收集数据,最后绝大部分的dots都是死细胞。
2)你在设置stop acquisition events的时候你应该设置在gate里面收集多少细胞后停止。

对于你已经收集好的标本,无论通过什么方式你都没有可能增加活细胞的数目,只能通过各种方式来使图变得好看吧。
最好的解决办法就是重新做。
希望能有所帮助

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niwanmao + 1 赞一个!

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发表于 2014-10-17 21:07:09 | 显示全部楼层
cellquest的 Acquistion and Storage窗口里面你是不是没设置要保存的门?所以就把所有的数据(包括碎片)都保存到FCS文件了。
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 楼主| 发表于 2014-10-17 21:13:21 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2014-10-17 21:07
cellquest的 Acquistion and Storage窗口里面你是不是没设置要保存的门?所以就把所有的数据(包括碎片)都 ...

应该是这个问题。谢谢。我回去好好看看Calibur设门的问题。
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 楼主| 发表于 2014-10-19 09:36:28 | 显示全部楼层
倪老师,有什么补救的办法吗?
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发表于 2014-10-19 15:21:44 | 显示全部楼层
cellprobe 发表于 2014-10-19 09:36
倪老师,有什么补救的办法吗?

可以用flowjo或其它第三方软件设门圈好有核细胞,然后导出该门内的细胞为新的FCS文件。不过我觉得不导出也不影响你的分析啊。
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 楼主| 发表于 2014-10-19 19:38:27 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2014-10-19 15:21
可以用flowjo或其它第三方软件设门圈好有核细胞,然后导出该门内的细胞为新的FCS文件。不过我觉得不导出也 ...

您是觉得我的实验应该重新做了?因为可以分析的活细胞只有百分之几。
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发表于 2014-10-19 20:18:46 | 显示全部楼层
cellprobe 发表于 2014-10-19 19:38
您是觉得我的实验应该重新做了?因为可以分析的活细胞只有百分之几。

是不是需要重新做是要看你自己分析出来结果如何,不是我说了算。你前面问我是不是可以从中只导出需要的细胞,我说可以。
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